2022.04.15【单细胞】|Seurat安装，C++ compiler supports the long long type... no解决方法

文章目录

• 项目场景
• 问题描述
• 原因分析
• 解决方案
• 总结

项目场景

最近学习单细胞转录组（scRNA）分析，这个分析需要提前安装R4.0还有Seurat等R包进行分析，同事在创建新环境后正常情况下都可以顺利安装，然而到我这边，似乎是缺少某一个lib依赖库，没法成功安装（之前也遇到过，没能解决）。

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问题描述

执行安装命令后，其他依赖软件安装正常，剩下reshape,stringi.stringr安装报错。

BiocManager::install("Seurat")

具体报错在于stringi安装出问题（之前遇到过），导致Seurat安装失败

checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking elf.h usability... yes
checking elf.h presence... yes
checking for elf.h... yes
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ -m64 -std=c++0x accepts -g... yes
checking whether the C++ compiler supports the long long type... no
*** trying with disabled C++11 compiler
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ -m64 accepts -g... yes
checking whether the C++ compiler supports the long long type... no
*** verify your C++ compiler's abilities (long long, STL, etc. support)
ERROR: configuration failed for package ‘stringi’

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原因分析

最开始google到github社区里，说是需要安装libstdcxx-devel-linux64。

conda search并install后发现该环境已经安装了libstdcxx-devel-linux64。

但肯定还是缺什么东西。

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解决方案

于是绕过问题，改用conda 安装，具体安装命令为

conda install r-stringi

经过conda的一番搜索，发现缺乏的依赖库是libstdcxx-ng。

给出了下载安装该依赖库的方法。

之后如愿安装上stringi，同时，也成功安装上Seurat。

总结

其实之前在做kegg注释的时候，clusterProfiler这个R包也需要stringi，我当时也是绕过R，使用conda安装。

需要注意的是用conda安装要在安装包前面加r-前缀（如r-clusterProfiler）。

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