gtex数据怎样筛选

关于gtex数据怎样筛选。

1、通常我们在挖掘TCGA数据库的时候，会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的，也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果，比如说乳腺癌吧，1200个左右的转录组数据，其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据，只有区区100个左右的正常对照。

2、这个时候我们就需要想办法加大正常组织测序样本量，既然TCGA数据库没有，我们就从其他数据库着手。这里值得大力推荐的是GTEx数据库,Genotype-TissueExpression(GTEx)。

找剪切因子，简单而言就是，一个基因从DNA-mRNA的过程当中，由于剪切位点的不同，会形成不同的mRNA剪切变异体。对于可变剪切模式，之前的介绍TCGA SpliceSeq数据库的时候提到了数据库当中包含的其中7种可变剪切模式。具体的可见之前的帖子： TCGA Spliceseq

在这个数据库当中提到的属于经典的可变剪接模式。随着二代测序的技术的使用，也会发现一些额外的剪切模式。比如这次我们要提到的外显子内含子剪切(exitrons(exonic introns) splicing, EIS)。既然二代测序技术可以发现EIS。那么就可以使用TCGA数据库来寻找肿瘤当中的EIS。因此也就可以对肿瘤挡着的EIS事件进行全面的分析。剪接因子是参与RNA前体剪接过程的蛋白质因子。根据其功能作用，可以分为核小核糖核蛋白颗粒(snRNP)蛋白因子和非snRNP蛋白因子。

你这个问题好大，生物信息学包含的内容太多，主要看你需要做哪些分析，是想学习分析，还是只是需要发表论文，如果学习，那是一个系统的学习，推荐学习两门语言，R语言和PERL语言，学习两个数据库，GEO和TCGA，这两个数据库是现在的主流，需要掌握的。学习资源可以取生信自学wang和丁香园，都可以学到不少东西。如果是写论文，可以直接找生信分析的人，把分析好的数据和给你，你就可以写论文了，当然找人家做一般都是有偿的。

GEO芯片数据库

TCGA癌症数据库，包括癌症的临床信息，表达信息，甲基化，SNP，数据量大，全面

以上就是关于gtex数据怎样筛选全部的内容，包括:gtex数据怎样筛选、怎么找剪切因子、第一次做生物信息学，求助等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！