Swissprot数据库如何找出蛋白质的相似序列

总的而言有下列12种

0 = pairwise,显示具体匹配信息（缺省）

1 = query-anchored showing identities,查询-比上区域，显示一致性

2 = query-anchored no identities,查询-比上区域，不显示一致性

3 = flat query-anchored, show identities,查询-比上区域的屏文形式，显示一致性

4 = flat query-anchored, no identities,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性

5 = query-anchored no identities and blunt ends,查询-比上区域，不显示一致性，无突然的结束

6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性

7 = XML Blast output,XML格式的输出

8 = tabular,TAB格式的输出

9 =tabular with comment lines,带注释行的TAB格式的输出

10 =ASN, text,文本方式的ASN格式输出

11 =ASN, binary [Integer] default = 0,二进制方式的ASN格式输出

但是如果你在网站上进行，一般就为2-5种，如0 = pairwise, 8 = tabular,7 = XML Blast output，看你在哪个站点进行了

NCBI

NCBI下有很多数据库，以下是蛋白质序列PopSet

包括研究1个人群、1个种系产生或描写人群变化的1组组联合序列。PopSet既包括核酸序列数据又包括蛋白质序列数据。

Entrez

功能强大，在于它的大多数记录可相互链接，既可在同1数据库内链接，也可在数据库之间进行链接。当应用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行类似性检索时，则会触及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接产生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接，或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。BLAST(Basic

Local

Alignment

Search

Tool）是用于序列类似性检索的1个重要数据库，是辨别基因和基因特点的工具。该软件能在15秒内完成全部DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相干度有明确的统计学解释，以便更容易地将相干记录与随机的数据库记录像辨别。在NCBI主页的左工具条中，点击BLAST图标，即进入BLAST主页。

BLAST

主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST20是1种新的BLAST检索工具，它在原有基础上作了改进，运行速度更快，灵敏度更高，同时具有Gapped

BLAST

和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped

BLAST

允许在对准的序列中引入空位（碱基缺失或插入），引入空位（Gaps）意味着在比较两个相干序列时不会出现中断（Break）现象。这些空位对准的记分系统更能反应相干序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific

Iterated

BALST，即特殊位置重复BLAST，它提供了自动、易用的概貌（Profile）检索，是查找序列同源的有效工具。Dnastar

可以用于解决你踢完的后半个问题

select

relname

from

pg_class

where

relowner=(select

usesysid

from

pg_user

where

usename='yourusername')

and

relkind='s'

你直接在PBD主页上的pbd ID or text 里输入你的蛋白ID，也就是1SA1和1SA0，就能查到你要的蛋白质了。蛋白ID旁边有个Download Files，点击后选择你要下载的文件格式即可下载。

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