当使用AspenPlus进行模拟计算时,在选定了某个物性模型后,必须确定该模型计算时所必需的相关参数。这些数据是你得到正确结果的前提与基础,主要通过三种方法实现:
从数据库中检索(软件主菜单栏里提供了两大数据库,分别是NIST(TDE)和DECHEMA(未激活,一般不可使用)一般我们使用NIST数据库可获得想要的参数,但是有些文献中的数据系统也会根据规则予以接受和拒绝,这就需要我们自己做出正确的判断及选择)
在物性参数(PropertiesParameters)界面输入(建立在有正确数据的前提基础上)
使用物性估算功能(PropertiesEstimation),用软件进行估算(第6节中会详细介绍)
AspenPlus物性数据库有三种类型:系统数据库、内置数据库以及用户数据库。其中系统数据库是AspenPlus的一部分,适用于每一个AspenPlus程序的运行。物性参数会自动由PURECOMP、SOLIDS、AQUEOUS、INORGANIC、BINARY数据库中检索出来。当用户有大量的内置数据时,需要用内置数据库,这些数据库与AspenPlus的系统数据库无关,系统管理员必须创建并激活内置数据库。当数据不是对所有用户开放或数据具有针对性时,需要使用用户数据库。而后两个数据库需要通过AspenPlus的数据管理
DFMS来创建数据库。PURECOMP是AspenPlus系统数据库中最基本的数据库,该数据库主要包含以下参数:
可能性呢就是你的这个网络问题导致的,他这听不见,简单的说呢就是你的这个网络有问题,所以说你打字或者是给这个客服发语音的话,客服都是听不见的,因为这个系统默认你没有发,所以说你得等网络好的时候的客服才能听见的。
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a常数性质,如热力学温度、绝对压力;
b相变的性质参数,如沸点、三相点;
c参考态的性质参数,如标准生成焓以及标准生成吉布斯自由能;
d随温度变化的热力学性质参数,如饱和蒸汽压;可能性呢就是你的这个网络问题导致的,他这听不见,简单的说呢就是你的这个网络有问题,所以说你打字或者是给这个客服发语音的话,客服都是听不见的,因为这个系统默认你没有发,所以说你得等网络好的时候的客服才能听见的。1、邮政储蓄银行客服电话:95580。邮政储蓄银行客服电话有自助服务和人工接听服务。提供24小时服务,方便客户。拨打电话可以进行交易明细查询、资金转账、基金买卖、自助缴费、账户余额查询等各类交易。
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e传递性质的参数,如黏度;
f安全性质的参数,如闪点、着火点;
gUNIFAC模型中的基团参数;
h状态方程中的参数;
i与石油性质相关的参数,如油品的API值、辛烷值、芳烃含量、氢含量以及硫含量等。
常用的化学文献资源
1 NIST的Chemistry WebBook
简介:是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库,Chemistry WebBook可以看作是NIST的标准参考数据库Standard Reference Data中一部分与化学有关的数据库的Web版本,可通过分子式检索、化学名检索、CAS 登录号检索、离子能检索、电子亲和力检索、质子亲和力检索、酸度检索、表面活化能检索、振动能检索、电子能级别检索、结构检索、分子量检索和作者检索等方法,得到气相热化学数据、浓缩相热化学数据、相变数据、反应热化学数据、气相离子能数据、离子聚合数据、气相IR色谱、质谱、UV/Vis色谱、振动及电子色谱等。
2 化合物基本物性库
简介:该库除提供化合物的基本物性如熔点、沸点、闪点、密度、在水中的溶解度等外,更重要的是它建立了与Internet上其他节点的索引,通过查询该库,除获得基本物性外,还得到一些链接。通过这些链接,获得其他节点的数据库或Web页面所包含的关于被查化合物的有关信息。
3 主要化学物质热力学数据
简介:国际科学技术数据委员会CODATA的数据库,提供了主要化学物质热力学数据推荐值,虽然数据库规模小,但具有权威性。内容包括关键化学物质的热力学特性,这个网站的内容公布了最新的结果。使用推荐的这些数据,可用于热力学测定的分析、数据还原和制备其它的热力学数据表。此表包括绝对温度下的分子标准焓值、熵值和 H0(29815K)-H0(0)。焓变值栏目中元素的值为0可指示出此元素的参考状态。标准压强为100000Pa(1 bar),可根据标准态气压的改变引起的气相熵值得到参考信息。
GC-MS非靶向代谢组学检测通过气质联用(GC-MS)方法检测生物体受外界刺激前后体内大多数小分子代谢物的动态变化,重点寻找在实验组和对照组中有显著变化的代谢物,进而研究这些小分子代谢物变化,实现对生命科学中更多问题的探索。
GC-MS(气质联用)相关介绍
GC-MS分离检测的原理:利用待分离的各种物质在两相中的分配系数、吸附能力等理化性质的不同来进行分离,然后进入质谱检测器进行检测的过程。
GC-MS仪器分为三个系统:进样系统、分离系统、检测系统。
GC-MS的适用范围:主要取决于化合物的性能,一般适用于分子量小、易挥发的代谢物,详情如下图:
GC-MS 优势及流程
运用GC-MS代谢组学探究优势:
技术成熟稳定、分辨率高、选择性好;
具有相对完善的数据库;
适合于复杂基质的分析,一次分析提供全面的信息;
全自动峰识别、解卷积、样品比较、质量控制;
定性更准(结合保留时间指数辅助定性);
GC-MS代谢工作流瓶颈
除了代谢物的提取,代谢物的纯化与富集也是非常重要的;那么纯化和富集的目的是什么呢?纯化主要是为了去除蛋白质、核酸、盐或者干扰目标代谢物检测的其他代谢物;富集的目的主要是提高待测物质的灵敏度和检测限。具体步骤见下:
再来看下建GC-MS方法中非常关键的一个点:衍生化:随着样品的批量越来越大,传统的手动衍生化渐渐的遇到了其瓶颈。如何帮助提高大批量样品的检测准确性,并且同时节省溶剂和时间成为了一个巨大的挑战~
2023年1月,新引进的自动化衍生设备,助力GC-MS代谢组学产能加倍,解决GC-MS代谢组学产品线不断扩增的业务并实现样本处理过程中的“标准化”管理,实现助力更多科研工作者的研究不断延伸与纵深发展。
鹿明生物引进自动衍生化设备,以更成熟精确的实验步骤、减少人工干预,使得实验结果更精准可靠可追溯……能更好地助力更多研发速度和质量双提升。
GC-MS代谢组定量方法
代谢物定量方法;定量方法主要分2种:外标法和内标法,其中外标法是比较常用的定量方法。
外标法(常用)
用待测组分的标准品作对照物质,将对照物质和样品中待测组分的响应信号相比较进行定量的方法,也称为标准曲线法,是一种绝对定量的方法。
内标法
是一种间接或相对的校准方法,在分析测定样品中某组分含量时,加入一种内标物质,以校准和消除由于 *** 作条件、仪器波动对分析结果产生的影响,可提高分析结果的准确度。
得到GC-MS代谢组学数据后,我们将要进行数据分析,这时候谱图匹配中一定少不了数据库,GC-MS常用的公共数据库有NIST、Fiehn等。
NIST化学数据库
NIST化学数据库由美国国家科学技术研究院 (NIST)等建立,NIST共包含超过16万中代谢物的20多万张EI质谱图,最新版的NIST数据库中也包含了小分子化合物的ESI MS/MS质谱图,是GC-MS分析最常用的数据库。
NIST
The Fiehn library
The Fiehn library中含有超过1000种代谢物的2200多个EI质谱图,包含四极杆和TOF两种质量分析器的检测信息,Fiehn数据库目前常用于GC-MS分析。
Fiehn数据库
代谢物注释
值得一提的是,由于鉴定到的代谢物数目太多,种类繁杂,十分不利于数据查找和分析,在代谢物鉴定时,一般会对鉴定到的代谢物进行注释,以了解代谢物的功能、分类和统计情况等。常用的代谢物注释数据库有HMDB、KEGG、Lipidmaps等综合性数据库,一般分析软件和网站会在代谢物鉴定时附带上部分注释信息,但可能比较简略,可用R、Pathon、Perl等相关包或程序来添加。
鉴定到代谢物在HMDB数据库中super class分类统计
鉴定到代谢物在KEGG数据库中class以及sub class分类统计
鉴定到代谢物在lipidmaps数据库中class及sub class分类统计
GC-MS代谢组研究经验
更多GC-MS代谢组学经验:
详细技术请访问鹿明生物官网
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了解更多多组学技术
(GC-MS代谢组)
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1Pubmed
是医学,生命科学领域的数据库,旨在组织、分享科研领域信息。为用户提供文献检索,检索,影响因子查询,免费全文下载,国家自然科学基金统计分析等服务
2EMBASE
内容涉及药学、临床医学、基础医学、预防医学、法医学和生物医学工程等。除了可以检索丰富的医学文献外,还支持药物和疾病检索。
3Cochrane library
Cochrane library(考克兰图书馆)是the Cochrane Collaboration的主要产品,目前是John Wiley & Sons国际出版社负责出版。
它包含以下6个数据库
1Cochrane Database of Systematic Review(医学保健领域系统评估的领先资源)
2Cochrane 临床对照实验数据库
3Cochrane Methodology Register(介绍进行对照试验时所用方法的参考出版物)
4Health Technology Assessment Database(卫生技术评估)
5NHS Economic Evaluation Datab6(经济评估数据库)
6About The Cochrane Collaboration(组成Cochrane Collaboration的80个组织的信息)
4Clinical trials
Clinical trials(美国临床试验数据库)是美国国立医学图书馆(NML)与美国食品与药物管理局(FDA)在1997年开发的数据库。里面提供了网站临床试验注册辅导,登记了各种观察性研究和干预性研究,包括药物、器械和手术等干预方式。其注册和查询临床试验均为免费~
5万方医学网
是万方数据股份有限公司旗下的网站。拥有220多种中文独家医学期刊全文、1000多种中文医学期刊全文、4100多种国外医学期刊文摘(全文以电子邮件原文传递方式获得,核心期刊全部收齐),其中包括中华医学会、中国医师协会等独家合作期刊220余种;中文期刊论文近360万篇,外文期刊论文455万余篇。
6知网 中国知识资源总库提供CNKI源数据库、外文类、工业类、农业类、医药卫生类、经济类和教育类多种数据库。CNKI已集结了7000多种期刊、近1000种报纸、18万本博士/硕士论文、16万册会议论文、30万册图书以及国内外1100多个专业数据库。
如果是校外没有这些数据库账号,可以从seek68文献馆中找到。而且还省米。
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