国际著名的三大蛋白质数据库

国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

1、UniProt数据库

蛋白组学常用数据库UniProt（全称UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的，其信息量丰富、资源广泛，是目前公认的首选免费蛋白质数据库。

2、The Human Protein Atlas数据库

The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，并提供免费查询。

瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术，检查每一种蛋白质在人类48种正常组织，20种肿瘤组织，47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达，其结果用至少576张免疫组化染色图表示，并经专业人员校对和标引，保证染色结果具有充分的代表性。

3、PhosphoSitePlus数据库

PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库，总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。

该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用，同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。

性能及历史

蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月，动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。

分子结构特征描述采用汉语，同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者，我们提倡直接访问RCSB PDB，一来可以减少网络拥挤，二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。

蛋白质数据库（HPDB）对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译（最新加入数据库的分子除外），内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库，因此HPDB支持中文查询。

蛋白质数据库（HPDB）虽然翻译了“分子结构说明”部分，但为了保证数据的可靠性和准确性，HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动，数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件，并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。

推荐你你可以参考一下蛋白质数据库HPDB，上面有立体图示。(http://hpdb.hbu.edu.cn/structure/proteinstructure6.asp)

二级结构是指多肽链借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性的结构的构象，是多肽链局部的空间结构（构象），主要有α－螺旋、β－折叠、β－转角等几种形式，它们是构成蛋白质高级结构的基本要素。

三级结构主要针对球状蛋白质而言的是指整条多肽链由二级结构元件构建成的总三维结构，包括一级结构中相距远的肽段之间的几何相互关系,骨架和侧链在内的所有原子的空间排列。在球状蛋白质中，侧链基团的定位是根据它们的极性安排的。蛋白质特定的空间构象是由氢键、离子键、偶极与偶极间的相互作用、疏水作用等作用力维持的，疏水作用是主要的作用力。有些蛋白质还涉及到二硫键，我做的芋螺毒素就是含有多对二硫键的小肽。

程序数据库 (PDB) 文件保存着调试和项目状态信息，使用这些信息可以对程序的调试配置进行增量链接。当用 /ZI 或 /Zi 编译 C/C++ 程序时或用 /debug 编译 Visual Basic/C#/JScript .NET 程序时将创建 PDB 文件。

在 Visual C++ 中，/Fd 选项用于命名由编译器创建的 PDB 文件。当在 Visual Studio 中使用向导创建项目时，/Fd 选项被设置为创建名为 project.PDB 的 PDB 文件。

如果使用生成文件创建 C/C++ 应用程序，并指定 /ZI 或 /Zi 而不指定 /Fd 时，则最终将生成两个 PDB 文件：

VC70.PDB （更笼统地说就是 VCx0.PDB，其中 x 表示 Visual C++ 的版本。）该文件存储各个 OBJ 文件的所有调试信息并与项目生成文件驻留在同一个目录中。

project.PDB 该文件存储 .exe 文件的所有调试信息。对于本机代码，它驻留在 \debug 子目录中。对于托管代码，它驻留在 \WINDEBUG 子目录中。

每当创建 OBJ 文件时，C/C++ 编译器都将调试信息合并到 VCx0.PBD 中。插入的信息包括类型信息，但不包括函数定义等符号信息。因此，即使每个源文件都包含公共头文件（如 <windows.h>），这些头文件中的 typedef 也只存储一次，而不是在每个 OBJ 文件中都存在。

链接器将创建 project.PDB，它包含项目的 EXE 文件的调试信息。project.PDB 包含完整的调试信息（包括函数原型），而不仅仅是 VCx0.PDB 中的类型信息。这两个 PDB 文件都允许增量更新。

Visual Studio 调试器使用由链接器直接创建的 project.PDB 文件并将此 PDB 的绝对路径嵌入到 EXE 或 DLL 文件中。如果调试器在该位置无法找到 PDB 文件或者如果路径无效（例如，如果项目被移动到了另一台计算机上），调试器将搜索包含 EXE 的路径，即在解决方案的“属性页”中指定的“符号路径”（“调试符号文件”页 ->“通用属性”文件夹）。调试器不会加载与所调试的二进制不匹配的 PDB。

搂主看看帮助先，自己找答案也是很有乐趣的。

---