分析miRNA的数据库都有哪些

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。

10、miRanda和microRNA.org

是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。

13、miRGator v2.0

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：

（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。

（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。

（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。

（5） targetScan:

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。

（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。

（7） PITA：基于靶位点的可接性（target-site

accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：

（8） RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。

（9） miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial

Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。

（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright

实验室开发的microRNA靶标数据库。

（11） miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。

（12） miRGator

v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。

（13） MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。

（14） miRDB:

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。

（15） RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。

（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。

（17） Targetfinder:

使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。

（18） miRU, psRNATarget:

一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。

（19） CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。

（20） Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。

显然不是。

miRBase中的miRNA很大一部分是计算预测得到的。

每一条miRNA记录页面都有显示该miRNA的文献来源，是否是实验发现的自然很容易判断，看Evidence即可。

在deep sequencing流行之后，miRBase增长速度明显加快，不可靠的信息也逐渐多起来了。这也是为什么随着版本升级一些miRNA会dead或者modified的原因。当然，实验手段也不见得完全可靠。

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