分析miRNA的数据库都有哪些

如果是要初步的筛选，最好用至少3个数据库进行预测，然后取共有的target

gene进行下一步的验证，常用的数据库有targetscan，rna22，mirbase，pita，microcosom等等

以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：

（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。

（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。

（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。

（5） targetScan:

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。

（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。

（7） PITA：基于靶位点的可接性（target-site

accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：

（8） RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。

（9） miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial

Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。

（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright

实验室开发的microRNA靶标数据库。

（11） miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。

（12） miRGator

v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。

（13） MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。

（14） miRDB:

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。

（15） RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。

（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。

（17） Targetfinder:

使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。

（18） miRU, psRNATarget:

一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。

（19） CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。

（20） Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。

这里有一个软件：miRTarBae，不错！它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。输入感兴趣的miRNA，即可找到验证了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能！

目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3（Suppressor of cytokine signaling 3）

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