uniprot数据库怎么把氨基酸序列转为核酸碱基序列

uniprot数据库怎么把氨基酸序列转为核酸碱基序列：

(1）在搜索框输入蛋白名（以Cystatin-C为例）之后search，进入下图界面；

①区域即为人物种的Cystatin-C蛋白结果。

(2)点击蓝色ID，进入下一级页面（链接：uniprot.org/uniprot/P01034#ptm_processing）；

③区域主要是蛋白名、基因名、物种信息、蛋白研究水平等

(3)红框为蛋白完整氨基酸序列，点击FASTA即可下载此蛋白序列；

(4）下载蛋白序列。

NCBI

NCBI下有很多数据库，以下是蛋白质序列PopSet

包括研究1个人群、1个种系产生或描写人群变化的1组组联合序列。PopSet既包括核酸序列数据又包括蛋白质序列数据。

Entrez

功能强大，在于它的大多数记录可相互链接，既可在同1数据库内链接，也可在数据库之间进行链接。当应用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行类似性检索时，则会触及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接产生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接，或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。BLAST(Basic

Local

Alignment

Search

Tool）是用于序列类似性检索的1个重要数据库，是辨别基因和基因特点的工具。该软件能在15秒内完成全部DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相干度有明确的统计学解释，以便更容易地将相干记录与随机的数据库记录像辨别。在NCBI主页的左工具条中，点击BLAST图标，即进入BLAST主页。

BLAST

主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST2.0是1种新的BLAST检索工具，它在原有基础上作了改进，运行速度更快，灵敏度更高，同时具有Gapped

BLAST

和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped

BLAST

允许在对准的序列中引入空位（碱基缺失或插入），引入空位（Gaps）意味着在比较两个相干序列时不会出现中断（Break）现象。这些空位对准的记分系统更能反应相干序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific

Iterated

BALST，即特殊位置重复BLAST，它提供了自动、易用的概貌（Profile）检索，是查找序列同源的有效工具。Dnastar

可以用于解决你踢完的后半个问题

1 .首先打开官网，在搜索框前面的选择框中选择“gene”，在后面的搜索框中键入“CD47”，点击search

2 .可以在d出的新页面中查看搜索结果。 你可以在这里看到各种相关基因的链接。 这里选择单击CD47molecule[HomoSapiens(Human ) ]

3 .在d出的网页上可以看到这种蛋白质的概要

4 .往下拉，可以看到基因信息、染色体上的位置、表达分布、相互作用、蛋白质和mRNA的序列等其他信息。 这里隐藏了所有的信息，只显示标签，有兴趣的人可以自己点击查看。 另外，里面的信息可以看引用文献。

这是基因信息和染色体上的位置

表现分布。 上面的复选框是数据源

PubMed中的文献及蛋白质功能相关文献

mRNA和蛋白质序列

5 .接下来我们来看看mRNA序列。 可以看到序列号、长度、相关文献等。

为了能看到mRNA上每个区域的划分、外显子、编码区域、氨基酸序列等，会持续下降。

7 .点击前面的“CDS”，最后的序列中就会看到编码靶蛋白质的核酸序列。 点击fasta可以下载序列。

uniprot这个名字是通用蛋白质的英文缩写，介绍信息丰富的蛋白质数据库。

1 .同样搜索“CD47”这种蛋白质吧。

2 .下面是这一页跳出的结果。

中间的表包括蛋白质的标签、蛋白质和基因名称、是否人工注释(黄色标签)、属种等。

3 .在这里，选择第3个“CD47_HUMAN”。 紧挨着跳跃的网页有蛋白质名基因名和属种。

页面的左侧是整个网页的目录，其中包含有关该蛋白质的所有信息，包括功能、细胞定位、PTM、交互、高级结构、序列和其他数据库的链接。

这是蛋白质细胞定位和序列的域

这是蛋白质的结构信息，点击后面的链接，可以在RCSB数据库中查看详细信息。

以下为序列信息，包含4个可变拼接体。

以下是关于该蛋白质的其他数据库的信息

以上就是今天的分享。 周边很多人主要没听说过蛋白的信息，或者没想到找的时候会去看蛋白的信息。 如果在阅读文献之前能够搜索这些数据库，大致了解蛋白质的信息，在阅读文献时就会在心中计数。

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