我们生物化学讲到蛋白质的内容，想问一下一个名词，什么叫“蛋白质三级结构的数据库”？

简单来说就是已知一段氨基酸序列的空间构象（三级结构），若另一蛋白质分子中含有这段氨基酸序列，就可以大致推断这个蛋白质的空间构象（三级结构），而由这些已知的氨基酸序列的三级结构构成的库就是相应的数据库_蛋白质三级结构数据库。

也就是说如果将一个未知的蛋白质分子的氨基酸序列进行分段，而每段氨基酸序列之前有人对其空间构象和功能进行了研究并有了结果，然后上传到数据库里，那么我们就可以在已知数据库里面进行搜索匹配（那个未知蛋白质要先做氨基酸测序），然后用能够匹配的序列的空间构象来推测我们要测的蛋白质的空间构象，进而分析这个未知蛋白质的功能。

这是数据库的一个作用，另一个作用是用来分析物种的亲缘关系，至于其他作用要去看《生物信息学》这本书。

蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,简称PDB)是美国纽约Brookhaven国家实验室于1971年创建的。为适应结构基因组和生物信息学研究的需要，1998年10月由美国国家科学基金委员会、能源部和卫生研究院资助，成立了结构生物学合作研究协会(Research Collaboratory for Structural Bioinformat-ics,简称RCSB)。PDB数据库改由RCSB管理，目前主要成员为拉特格斯大学(Rutgers University)、圣地亚哥超级计算中心(San Diego Supercomputer Cen-ter,简称SDSC)和国家标准化研究所(National Insti-tutes of Standards andTechnology,简称NIST)。和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。

PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。随着晶体衍射技术的不断改进,结构测定的速度和精度也逐步提高。90年代以来,随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟,使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。据2000年5月统计，PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标,其中大部分为蛋白质，包括多肽和病毒。此外,还有核酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。核酸三维结构测定进展迅速。PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。

PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行检索，可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。用户不仅可以得到生物大分子的各种注释、坐标、三维图形、VAML等,并能从一系列指针连接到与PDB有关的数据库，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等。可通过FTP下载PDB数据。所有的PDB文件均有压缩和非压缩版以适应用户传输需要。PDB的电子公告版BBS和电子邮件兴趣小组(Mailing List)为用户提供了交流经验和发布新闻的空间。在PDB的服务器上还提供与结构生物学相关的多种免费软件如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。