kegg数据库和geo数据库区别

GEO筛选差异，KOBAS注释分析。

GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

利用基因在不同物种之间的保守性，任何基因组的数据都可以映射到这些数据库中去。

1、空间参考。Geodatabse在要素类和数据集中对空间参考信息进行了完整的定义。

2、表定义。Geodatabse空间几何数据与属性数据保存在同一个表（要素类）中。

3、拓扑规则。Geodatabse的拓扑关系管理机制在以下几个方面有明显的优势：

1）用户可以自行定义哪些要素类将手拓扑关系规则约束。

2）多个点、线、面要素类（层）可以同时受同一组拓扑关系规则约束。

3）提供了大量的拓扑关系规则。

4）用户为自己的数据可以自行指定必要的拓扑关系约束规则。

5）拓扑关系及规则是在符合工业标准的DMBS（数据管理系统）中进行的，可以多用户并发处理。

6）用户可以局部建立或检查拓扑关系，以提高生产率。

4、可以表达复杂的地理要素（如，河流网络、电线杆等）。

因为GEO是基因表达综合数据库，RNA是实现遗传信息在蛋白质中的表达。

从GEO数据库获取GSE79973数据集，该数据集包含胃癌疾病与正常样本的表达谱数据，筛选出其中差异表达的lncRNA。

下载GSE62254和GSE15459数据集以及对应的临床数据，通过GSE62254数据集来构建一个临床预测模型，识别出与预后显著相关的lncRNA，通过GSE15459数据集对模型进行验证。

进一步的通过多因素分析来研究ACJJ分期、性别、年龄和样本的风险分数与临床预后的关系。最后通过ssGSEA来发现样本的高低风险组之间通路富集的差异情况。

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