pymol处理蛋白去掉那些链

对于蛋白质，在对接之前我们需要预处理，比如，去水，加全氢，导出为PDBQT文件设为受体，下面我们来介绍一下怎么做。

我们这里处理蛋白文件需要借助pyMOL这个软件，我在前面提到过，我也上传到了网盘，有2个版本，一个22，一个24，前面说安装时需要安装20序列的Python，这是针对22版本的pyMOL，如果你安装24版本，需要安装Python37。我用的是24的版本，有点喜新厌旧啦。

首先我们打开pyMOL这个软件



我们这里可以直接打开我们下载的pdb格式的分子结构文件，如果是PDB数据库的蛋白，我们可以通过命令下载。1e8y是我们蛋白的 PDB ID。回车后就会在可视化窗口看见我们的蛋白结构。



或者通过File里面选择get PDB，d出窗口输入信息后点击下载。



如果窗口中不显示该结构的信息，我们在软件的右下角点一下S，就出来了。或者从菜单栏Display里勾选Sequence



然后我们可以通过序列，左右滑动，删除我们不需要的部分，比如水分子，把0全部选中，右键点击remove，就删除了。如果有其他金属离子，那就需要根据需要了，如果该离子是该蛋白的组成部分，那就不能去除。



我们可以继续用pymol进行加氢处理，也可以后续用AutoDockTools处理。我们统一用AutoDockTools吧，因为pymol功能很多，一时间介绍不完，B站有很多教程，你可以去搜索学习，当然，你可以完成对接后，再去学习。我们这里保存为PDB格式蛋白文件文件名称：1E8Y_PYMOLpdb。



如果我们去掉的组分比较多，比如有多条链，去掉了其中的一些链，把不需要的水分子，离子，溶剂分子去掉，只保留对对接需要的部分，对剩下的结构我们需要进行一个修复。这里需要一个网页工具，地址：>

2、打开选项设置界面，如下图所示。

3、在左边的列表框里找到调试的功能选项。

4、在调试的选项里，展开后，可以看到调试符号的子选项。

5、在右边可以看到“符号文件（pdb)的位置”的字样，给“MicroSoft符号服务器”打勾，如下图所示，点击确定保存退出。

6、在主界面可以看到正在从microsoft服务器下载pdb符号文件,vs也正在加载这些符号文件。

打开Sybyl软件-Applicatons-Docking Suite-Dock Ligands

-d出对话框1-Filename中选择受体文件-d出对话框2导入PDB文件

Prepare-d出对话框3-去除配体-受体优化即点击R

把autodock对接后的结果保存出bai来，用DS里面的叠合功能把这些小分子和原始配体叠合一下就行了。用PYMOL可以做的。

将autodock的小分子导出PDB格式，大分子部分也导出PDB格式。在maestro中有merge这一项，整合成一个完成的complex形式。在PYMOL中与晶体复合物align，可以得到叠合模式图。

受体与配体之间结合的结果是受du体被激活，并产生受体激活后续信号传递的基本。在生理条件下，受体与配体之间的结合不通过共价键介导，主要靠离子键、氢键、范德华力和疏水作用而相互结合。受体在与配体结合时，具有饱和性、高亲和性、专一性、可逆性等特性。

扩展资料：

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。

PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。

软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。

参考资料来源：百度百科-PyMol

美国研究人员称，以便制造出ns2-3蛋白酶的抑制物。因此，这种蛋白被酶切为包括ns 2-3蛋白酶在内的几种蛋白，该蛋白结构的详细研究有助于活性部位小分子抑制物的研 究。 charlesrice的研究发现ns2-3蛋白酶催化区的晶体结构是由两种相同蛋白构成的二聚 体，该酶的活性部位分别由这两个蛋白的部分氨基酸组成，他们已经确定了一种丙型肝炎病毒蛋白质--ns2-3蛋白酶的晶体结 构科学家发现一种丙型肝炎病毒蛋白酶的活性位点 全世界大约有一亿七千万人受丙型肝炎的影响。研究人员称，该蛋白质晶体结构的确定有助于新型抗病毒药物的设计研究，因为实验证明该蛋白酶对病 毒复制非常重要，ns2-3二聚体 的浓度及其二聚体形式可能是病毒复制周期的限制因素，肝炎往往导致肝硬化化和肝 癌。洛克菲勒大学的charl -esrice及其同事称。该研究的详细文章发表在《自然》杂志上，丙型肝炎病毒基因组编码一种多聚蛋白

以下关于PDB数据库描述正确的是：

APDB数据库是一级蛋白质数据库

BPDB数据库存储大分子的3D结构

CPDB数据库里既包含蛋白质的3D结构，也包含核酸的3D结构，以及二者的复合体结构

DPDB数据库里只包含实验方法解析的大分子3D结构

EPDB数据库是二级蛋白质数据库

FPDB数据库只储存蛋白质分子的3D结构

GPDB数据库里既包含实验方法解析的大分子3D结构，也包含计算机预测结构模型

H、X射线衍射法解析的蛋白质3D结构不能提交到PDB数据库

正确答案：PDB数据库是一级蛋白质数据库；PDB数据库存储大分子的3D结构；PDB数据库里既包含蛋白质的3D结构，也包含核酸的3D结构，以及二者的复合体结构；PDB数据库里只包含实验方法解

以上就是关于pymol处理蛋白去掉那些链全部的内容，包括:pymol处理蛋白去掉那些链、请问PDB数据库文件如何打开、分子对接步骤（3）-受体（蛋白）PDB文件处理等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！