PDB网站的查询方式其实很简答,可是输入ID,也可以直接输入你要查找的蛋白的英文名字,数据库提供的都是已经解析的蛋白,因此,里面会有详细的介绍该蛋白的各个特征,包含结构,活性中心以及底物等。结构分析软件很多,pymol是其中一种,也可以用spdviewer,chimera等等。都可以做出漂亮的图。
数据库
Pfam数据库是一系列蛋白质家族的集合,其中每一个蛋白家族都以多序列比对和隐马尔科夫模型的形式来表示。
pfam数据库是一个蛋白质家族大集合,依赖于由多序列比对和隐马尔可夫模型(HMMs的)。蛋白质中,一般由一个或多个功能区构成,这些区通常被称为域。结构域的不同组合方式产生的蛋白质在自然界中各种不同。因此蛋白结构域的鉴别对分析蛋白质的功能来说尤其重要。Pfam有两个组成部分:Pfam-A和Pfam-B。Pfam-A的质量比较高,是人工筛选的
看看pfam, prints等二级结构数据库进行分析
根据资料显示ccd预测蛋白质结构域要看pfam, prints等二级结构数据库进行分析
蛋白质是组成人体一切细胞、组织的重要成分。机体所有重要的组成部分都需要有蛋白质的参与。一般说,蛋白质约占人体全部质量的18%,最重要的还是其与生命现象有关。
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