如何预测LncRNA靶基因

有免费的在线数据库可以预测，比如 StarBase，这是一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合多个预测软件，预测miRNA靶基因，包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。构建了最全面的包含了14种癌症类型（>6000个样本）Pan-Cancer（泛癌）表达图谱和互作网络。

个人觉得lncrna更有研究前景，mirna序列段作用单一（通过序列互补靶向靶基因降解或者抑制靶基因）各种mirna数据库以及针对mirna靶基因预测软件以及数据库甚至高通量实验都已经非常完善。但是lncrna是刚处于研究的起始阶段，其功能机制都不太明确，现有研究只能说明lncrna具有多种功能，因此如果你做lncrna可做的东西非常多，加上lncrna功能复杂因此更具有研究前景。个人觉得lncrna更有研究前景，mirna序列段作用单一（通过序列互补靶向靶基因降解或者抑制靶基因）各种mirna数据库以及针对mirna靶基因预测软件以及数据库甚至高通量实验都已经非常完善。但是lncrna是刚处于研究的起始阶段，其功能机制都不太明确，现有研究只能说明lncrna具有多种功能，因此如果你做lncrna可做的东西非常多，加上lncrna功能复杂因此更具有研究前景。

给你一个大致的筛选标准：

（1）选择长度≥200bp，Exon个数≥2的转录本；

（2）通过计算每条转录本的Reads覆盖度，选择Reads最小覆盖

度≥3的转录本；

（3）去除已知的mRNA转录本(通过和已有注释文件比对)

（4）去除已知的非编码RNA转录本（比对一些已有的lncRNA数据库了）

（5）去除有蛋白家族的转录本（能够注释到Pfam数据库）；

（6）去除有编码潜能的RNA（CNCI，CPC，这两款软件都可以给出一个编码能力的预测）

你说的这三类都是非编码RNA,不编码蛋白质 smallRNA一般指用来描述细菌中发现的那些微小RNA,不过也被用于描述其他物种的非编码RNA,比如microRNA,siRNA,snoRNA等等,一般长度在20-30个核苷酸microRNA属于smallRNA的一种,长度在22个核苷酸左右,通过靶向靶基因的3‘UTR抑制或者降解靶基因的表达,从而达到调控基因表达的目的lncRNA是最近才火起来一类非编码RNA,长度大于200个核苷酸,作用机制尚不太十分明确 目前已经有很多成熟的数据库来存储这些非编码RNA,比如mirbase,tarbase,lncRNAdb,lncipedia等等,你可以去这些数据库查找你想要的信息

希望能帮到你

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