生物信息学常用的软件有哪些？

NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库

数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）

蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）

两序列比对（Align two sequences）

DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)

分析实验序列外显子部分——GENSCAN（http://genes.mit.edu/GENSCAN.html）

分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)

注： Custom digest -- view gel

限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)

设计引物扩增实验序列——Genefisher

Primer 3

蛋白质序列分析及结构预测：

1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）

2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）

3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）

4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]

5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）

6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）

多物种分子系统发育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W

人脂联素蛋白质序列：NP_004788

人类胰岛素生长因子IB前体：P05019

序列拼接软件：velvet,SOAPdenvoo,SSAKE,ABySS,Trinity 等

短序列比对软件： bwa,bowtie,tophat,SOAPAligner 等

局部比对软件：Blast,blat,CorssMatch 等

多序列全局比对软件：Muscle,clustalw 等

基因预测软件：Glimmer,GeneMark,Augustus,FgeneSH,SNAP,GeneScan,EuGENE,Glean等

重复序列预测软件：RepeatMasker,TRF等

聚类软件：MCL,hcluster_sg等

统计软件：pLINK，TASSEL，R，SPSS等

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