蛋白质三维结构数据库的功能

PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)25维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。随着晶体衍射技术的不断改进,结构测定的速度和精度也逐步提高。90年代以来,随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟,使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。据2000年5月统计，PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标,其中大部分为蛋白质，包括多肽和病毒。此外,还有核酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。核酸三维结构测定进展迅速。PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。

PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行检索，可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。用户不仅可以得到生物大分子的各种注释、坐标、三维图形、VAML等,并能从一系列指针连接到与PDB有关的数据库，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等。可通过FTP下载PDB数据。所有的PDB文件均有压缩和非压缩版以适应用户传输需要。PDB的电子公告版BBS和电子邮件兴趣小组(Mailing List)为用户提供了交流经验和发布新闻的空间。在PDB的服务器上还提供与结构生物学相关的多种免费软件如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。

一级。

一级蛋白质数据库：存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。如X射线衍射法获得的蛋白质三级结构等。MMDB就属于其中。

英语缩略词“MMDB”经常作为“MassMemoryDataBase”的缩写来使用，中文表示：“大容量存储器数据库”。

将PIR、SWISS-PROT和TrEMBL3个蛋白质数据库统一-起来组建而成，包含3个部分:

(1) UniProt Knowledgebase (UniProtKB) ，这是蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等蛋白质知识库，记录经过人工筛选和注释;

■ (2) UniRef ( UniProt Non-redundant Reference )

数据库，将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中，以便提高搜索速度;目前，根据序列相似程度形成3个子库，即UniRef100、UniRef90和UniRef50;

■ (3) UniParc (UniProt Archive)，是UniProt存档库 ,

收录所有蛋白质序列。用户可以通过文本查询数据库，可以利用BLAST程序搜索数据库，也可以直接通过FTP下载数据。

SWISS-PROT是含有详细注释内容的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学中心（EBI）维护，目前已合并入 UniProt数据库，旨在帮助基因组和蛋白质组以及相关的分子生物学研究人员提供有关蛋白质氨基酸序列的最新信息。

SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立

了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。SWISS-PROT数据库包含了EMBL核酸序列数据库中被经过仔细检查和准确注释了

的蛋白质序列，一般地，任何蛋白质序列数据的搜寻和比较都应从SWISS-PROT开始。

SWISS-PROT蛋白质序列数据由大量序列条目组成，每一个序列条目

有其自己的格式。为了标准化的目的，SWISS-PROT的格式与EMBL核酸序列数据库的格式尽可能类似。SWISS-PROT涉及已知蛋白质的序列、

引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关

系、序列变异体和冲突等信息。利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。SWISS-PROT只接受直接测序

获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成。

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