用linux或者perl 从蛋白质序列文件中取出其它文件中所提供的十个蛋白质id

#!/usr/bin/perl -w

use strict

#contact perlcoder weixin

my %hash

#NBI_Gossypium_hirsutum_v1.1.fasta

#open FH,"test.fasta"

open FH,"NBI_Gossypium_hirsutum_v1.1.fasta"

#my ($key,$value)=(shift <FH>,shift <FH>)

while(<FH>)

{

    if($_=~/\S+/)

    {

        

    }

    else

    {

       next    

    }

    chomp

    my ($key)=$_=~/>(\S+)/

    my $value=<FH>

    chomp($value)

    $hash{$key}=$value    

}

#__END__

#print join "\n",values %hash

open FH,"id.txt"

my $key

while(<FH>)

{

   chomp

   my ($key)=$_=~/(\S+)/

   print $key,"\n"

   print $hash{$key},"\n"

   

}

public static void main(String[] args) {

// TODO Auto-generated method stub

Socket socket=null

BufferedReader sockIn

PrintWriter sockOut

try{

socket=new Socket("127.0.0.1",8888)

//建立socket连接，连接本机地址，8888端口

if(socket==null){

//判断是否连接

System.out.println("socket null,connection error")

System.exit(1)

}

#!/usr/bin/perl -w

use strict

die "perl $0 <bedfilename>\n" unless(@ARGV == 1)

open IN,$ARGV[0]

while(<IN>){

chomp

my @tmp=split/[\t ]+/,$_

print "$tmp[1]\t$tmp[5]\n"

}

close IN

将上面代码保存为run.pl,假设你的蛋白质序列文件为a.txt 运行的时候，在命令行输入 perl run.pl a.txt 回车即可

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