怎样把pfam，hmmsearch，smart等工具结合使用

pfam数据库是一个蛋白质家族大集合，依赖于由多序列比对和隐马尔可夫模型（HMMs的）。蛋白质中，一般由一个或多个功能区构成，这些区通常被称为域。结构域的不同组合方式产生的蛋白质在自然界中各种不同。因此蛋白结构域的鉴别对分析蛋白质的功能来说尤其重要。 Pfam有两个组成部分：Pfam - A和Pfam - B。 Pfam -A的质量比较高，是人工筛选的。虽然这些Pfam -A的数据涵盖了在许多基础序列数据库中很大的比例，为了让更多的全面了解已知蛋白质，我们也支持使用ADDA数据库。另外一些些自动生成的被称为Pfam - B。虽然质量较低，Pfam - B可以被用来鉴别功能保守区域，尤其是没有Pfam -A的时。 Pfam也产生了相关的家族称为家庭，更高层次的分组。Pfam家族，这是一个相似的序列，结构或HMM的相关收集。 一般考虑相似序列或结构域的蛋白具有相似的功能，因此很多寻找相似功能蛋白的时候可能会用到这个数据库，尽管找没关系蛋白的时候也肯能会用到这个的否命题，既结构不相似推出没有相似的结构，但这仅在某些特定的情况下使用，一般来是不一定成立的。

cdd保守结构域分析常通过Pfam和InterPro等数据库来实现，其中Pfam数据库包含了成千上万的分子保守模式，而InterPro数据库则将这些模式归类为保守结构域。因此，利用这些数据库可以对cdd保守结构域进行分析。

　您好，我在别的网站也看到你提的问题，现在解答如下：

Pfam由两个数据库组成。

Pfam-A是手工编辑、多重比对形式的蛋白质家族集合。

Pfam-B是从ProDom数据库自动产生的，Pfam-B的数据质量、注释的完全程度都不如Pfam-A，但是Pfam-B可以作为一个有用的补充 。

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