如何知道一条蛋白质序列在PBD数据库中有没有3D结构？

1。在NCBI或者BLAST中找到这段序列所在蛋白质的名称，以及其它所有用过的名字或者别名

2。在PDB中搜索这些名字或名称，看有没有存在的结晶结构, 大多数是NMR的或者X-ray的。

3。不放心的话，可以在string啦，或者其他的数据库中找相关的链接，看看有没有PDB的相关标号，就是4位由数字和字母混合成的晶体结构标号。

4。几方面一综合，就知道有没有了。不过如果不是关键蛋白质的话不要抱太大的希望，结晶难度很大，所以存在的晶体结构不是很多的，没有晶体结构的3D结构都是预测或者推测的，不作数。

以上

http://www.uniprot.org/

新的“联合蛋白质数据库”预计在三年内建成，美国国家卫生研究所已决定为这项计划斥资1500万美元。这一全球性数据库有望在2003年年底初步在因特网上开放，各国研究人

员可通过访问其网址www.uniprot.org，免费获取信息。(新浪网 2002年11月01日)

蛋白质数据库（Protein Data Bank, PDB）是一个生物大分子，如蛋白质和核酸，的数据库。这些数据包括X光晶体衍射或者NMR核磁共振显示以及由全世界生物学家和生物化学家上传，在网上，它们可以通过PBD的会员组织（PDBe, PDBj, RCSB）免费获取。PDB是由一个叫做世界蛋白质数据库（Worldwide Protein Data Bank, wwPDB）管理。PDB是结构生物（如结构基因组学）的一个关键性资源。大部分学术刊物，以及一些官方科研机构[如美国的国立卫生研究院（NIH）]，现在都要求科学家将它们研究的蛋白质、核酸结构上传到PDB

　从PDB的网站上，可以通过蛋白质的编号查找到相应的3D结构，并可以将这个结构图下载到电脑中，通过PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等软件查看、编辑。 从PDB网站上下载的3D结构图的后缀名为.pdb。

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