黄颡鱼肿瘤坏死因子的基因兼并引物怎么设计啊？急......

找与此物种亲缘关系比较近的物种，将它们的核苷酸序列找出来，然后比对寻找高度同源的区域，引物就设在同源的位置

简并引物是指用来编码一段短肽序列的不同碱基序列的混合物。主要用来同源克隆未知的基因，或用来分析某一种基因多态性的一种方法。简并引物设计的常见程序如下：1.利用NCBI搜索不同物种中同一目的基因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列。

因为密码子的关系，不同的核酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的Entrez检索系统，查找到一条相关序列即可。随后利用这一序列使用BLASTp(通过蛋白查蛋白)，在整个Nr数据库中中查找与之相似的氨基酸序列。

2.对所找到的序列进行多序列比对。

将搜索到的同一基因的不同氨基酸序列进行多序列比对，最好采用局部比对程序如BLOCK，网址：http://bioinformatics.weizmann.a ... ww/make_blocks.html。也可选工具有Clustal W。

3.确定合适的保守区域。

设计简并引物至少需要上下游各有一个保守区域，且两个保守区域相距50～400个氨基酸为宜，使得pcr产物在150~1200bp之间，最重要的是每一个保守区域至少有4个氨基酸。若比对结果保守性不是很强很可能找不到4个氨基酸的保守区域，这时可以根据物种的亲缘关系，选择亲缘相近的物种进行二次比对，若保守性仍达不到要求，则需进行三次比对。总之，究竟要选多少序列来比对，要根据前一次比对的结果反复调整。最终目的就是至少有两个4个氨基酸且两者间距离合适的保守区域。

4.利用软件设计引物。

当得到保守区域后，就可以利用专业的软件来设计引物了，如利用primer 5.0进行设计。但最好使用专门的简并引物设计的方法如：CODEHOP（网址：http://bioinformatics.weizmann.ac.il/blocks/codehop.html），GeneFisher2（网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/）。

在这里我们特别值得说明的是CODEHOP方法，该方法要求的保守区较短，而且能有效的降低引物的兼并度，是一种非常有效的方法。该方法主要是通过将简并区放在3′末端，并在5′端设计一个一致性的区域来降低兼并度，详见http://www.helixnet.cn/thread-8194-1-1.html。

5.对引物的修饰

若得到的引物为：5-NAGSGNGCDTTANCABK-3，则其简并度＝4×2×4×3×4×3×2=2304，很明显该条引物的简并度太高不利于 pcr。我们可以通过用次黄嘌呤代替N（因为次黄嘌呤能很好的和4种碱基配对）和根据物种密码子偏好这两种方法来降低简并度（有个查密码子偏好的数据库网址：http://www.helixnet.cn/viewthrea ... ht=%C3%DC%C2%EB%D7% D3）。

注意：该方法设计出来简并引物对，适用于用于比对的氨基酸序列所属物种及与这些物种分类地位相同的其他物种。

引物中符号说明：

A代表A

C 代表C

G代表 G

T 代表T

M 代表A or C

R 代表A or G

W代表 A or T

S代表 C or G

Y代表 C or T

K代表 G or T

V 代表A or C or G

H 代表A or C or T

D代表 A or G or T

B 代表C or G or T

N代表 G or A or T or C

计算机科学界的诺贝尔奖是图灵奖，就是说诺贝尔奖没有设立“计算机”方面的奖项。

1966 A. J. Perlis --- PhD, MITProf, Yale (was Prof at CMU) (deceased)

因在新一代编程技术和编译架构方面的贡献而获奖.

1967 Maurice V. Wilkes --- PhD, CambridgeProf, Cambridge

因设计出第一台程序实现完全内存的计算机而获奖.

1968 Richard W. Hamming --- PhD, UIUCProf, Naval Postgraduate School

(was at Bell) (deceased)

因在计数方法、自动编码系统、检测及纠正错码方面的贡献被授予图灵奖.

1969 Marvin Minsky --- PhD, Princeton, Prof, MIT

因对人工智能的贡献被授予图灵奖.

1970 J.H. Wilkinson --- BS, Cambridgestaff, National Physical

Laboratory, London

因在利用数值分析方法来促进高速数字计算机的应用方面的研究而获奖.

1971 John McCarthy --- PhD, PrincetonProf, Stanford

因对人工智能的贡献被授予图灵奖.

1972 Edsger W. Dijkstra --- PhD, U AmsterdamProf, UT Austin

因在编程语言方面的出众表现而获奖.

1973 Charles W. Bachman --- staff, Honeywell

因在数据库方面的杰出贡献而获奖.

1974 Donald E. Knuth --- PhD, CaltechProf, Stanford

因设计和完成TEX(一种创新的具有很高排版质量的文档制作工具)而被授予该奖.

1975 Allen Newell --- PhD, StanfordProf, CMU (deceased)

and Herbert A. Simon --- PhD, ChicagoProf, CMU (deceased)

因在人工智能、人类识别心理和表处理的基础研究而获奖.

1976 Michael O. Rabin --- PhD, PrincetonProf, Harvard

and Dana S. Scott --- PhD, PrincetonProf, CMU

因他们的论文"有限自动机与它们的决策问题"中所提出的非决定性机器这一很有价

值的概念而获奖.

1977 John Backus --- BS, Columbiastaff, IBM

因对可用的高级编程系统设计有深远和重大的影响而获奖.

1978 Robert W. Floyd --- BS, ChicagoProf, Stanford

因其在软件编程的算法方面的影响，并开创了包括剖析理论、编程语言的语义、自

动程序检验、自动程序合成和算法分析在内的多项计算机子学科而被授予该奖.

1979 Kenneth E. Iverson

因对程序设计语言理论、互动式系统及APL的贡献被授予该奖.

1980 C. Anthony R. Hoare --- Prof, Oxford(now at Microsoft)

因对程序设计语言的定义和设计所做的贡献而获奖.

1981 Edgar F. Codd --- PhD, Michiganstaff, IBM

因在数椐库管理系统的理论和实践方面的贡献而获奖.

1982 Steven A. Cook --- PhD, HarvardProf, U Toronto

因奠定了NP-Completeness理论的基础而获奖.

1983 Ken Thompson --- MS, Berkeleystaff, Bell-Labs

and Dennis M. Ritchie --- PhD, Harvardstaff, Bell-Labs

因在类属 *** 作系统理论，特别是UNIX *** 作系统的推广而获奖.

1984 Niklaus Wirth --- PhD, BerkeleyProf, ETH Zurich

因开发了EULER、 ALGOL-W、 MODULA和PASCAL一系列崭新的计算语言而获奖.

1985 Richard M. Karp --- PhD, HarvardProf, Berkeley

因对算法理论的贡献而获奖.

1986 John E. Hopcroft --- PhD, StanfordProf, Cornell

and Robert E. Tarjan --- PhD, StanfordProf, Princeton

因在算法及数据结构的设计和分析中所取得的决定性成果而获奖.

1987 John Cocke --- staff, IBM

因在面向对象的编程语言和相关的编程技巧方面的贡献而获奖.

1988 Ivan E. Sutherland --- PhD, MITstaff, Sun

因在计算机图形学方面的贡献而获奖.

1989 William V. Kahan --- PhD, U TorontoProf, Berkeley

因在数值分析方面的贡献而获奖，他是是浮点计算领域的专家.

1990 Fernando J. Corbato --- PhD, MITProf, MIT

因在开发大型多功能、可实现时间和资源共享的计算系统，如CTSS和Multics方面

的贡献而获奖.

1991 Robin Milner --- Prof, Cambridge (was at U Edinburgh)

因在可计算的函数的逻辑(LCF)、ML和并行理论(CCS)这三个方面的贡献而获奖.

1992 Butler Lampson --- PhD, Berkeleystaff, Microsoft

因在个人分布式计算机系统（包括 *** 作系统）方面的贡献而获奖.

1993 Juris Hartmanis --- PhD, CaltechProf, Cornell

and Richard E. Stearns --- PhD, PrincetonProf, SUNY Albany

因奠定了计算复杂性理论的基础而获奖.

1994 Raj Reddy --- PhD, StanfordProf, CMU

and Edward Feigenbaum (PhD, CMUProf, Stanford)

因对大型人工智能系统的开拓性研究而获奖.

1995 Manuel Blum --- PhD, MITProf, Berkeley

因奠定了计算复杂性理论的基础和在密码术及程序校验方面的贡献而获奖.

1996 Amir Pnueli --- PhD, Weizmann InstituteProf, NYU

因在计算中引入Temporal逻辑和对程序及系统检验的贡献被获奖.

1997 Douglas Engelbart --- PhD, Berkeleystaff, SRI

因提出互动式计算概念并创造出实现这一概念的重要技术而获奖.

1998 James Gray --- PhD, Berkeleystaff, Microsoft

因在数据库和事务处理方面的突出贡献而获奖.

1999 Frederick P. Brooks, Jr.--- PhD, HarvardProf, UNC

因对计算机体系结构和 *** 作系统以及软件工程做出了里程碑式的贡献.

2000 Andrew Chi-Chih Yao --- PhD, UIUCProf, Princeton (姚期智，首位华

人获奖者)

因对计算理论做出了诸多根本性的重大贡献.

2001 Ole-Johan Dahl, and Kristen Nygaard --- Profs, U Oslo

因他们在设计编程语言SIMULA I 和SIMULA 67时产生的基础性想法,这些想法是面

向对象技术的肇始.

2002 Ronald L. Rivest --- PhD, StanfordMIT

and Adi Shamir --- PhD, Weizmann

and Leonard M. Adelman --- PhD, BerkeleyUSC

因他们在公共密匙算法上所做的杰出贡献(RSA算法是当前在互联网传输、银行以及

xyk产业中被广泛使用的安全基本机制).

2003 Alan Kay --- PhD, UtahHP Labs (was at Xerox PARC)

因发明第一个完全面向对象的动态计算机程序设计语言Smalltalk.

2004 Vinton G. Cerf、Robert E. Kahn

因在互联网方面开创性的工作，这包括设计和实现了互联网的基础通讯协议，

TCP/IP，以及在网络方面卓越的领导。

2005 Peter Naur

因在设计Algol 60语言上的贡献。由于其定义的清晰性，Algol 60成为了许多现代

程序设计语言的原型。

2006 Frances Allen(首位女性获奖者)

因对于优化编译器技术的理论和实践做出的先驱性贡献，这些技术为现代优化编译

器和自动并行执行打下了基础。

2007 Edmund M. Clarke、 E Allen Emerson和Joseph Sifaki

表彰他们开发模型检测技术，并使之成为一个广泛应用在硬件和软件工业

中非常有效的算法验证技术所做的奠基性贡献。

1981年在美国工作的Edmund Clarke和Allen Emerson以及在法国的Sifakis分别提

出了模型检测（Model Checking）的最初概念，并且他们开发了一套用于判断硬件

和软件设计的理论模型是否满足规范的方法，此外，当系统检测失败时，还能利用

它确定代码中问题存在的位置。

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