散点图是 KEGG 富集分析结果的图形化展示方式。在此图中，KEGG 富集程度通过 rich factor, qvalue 和富集到此通路上的基因个数来衡量。其中 rich factor 指差异表达的基因中位于该 pathway 条目的基因

IonTorrent基因分析仪组件： IonTorrent与Illumina原理的主要区别：Illumina：荧光信号 Ion Torrent：电信号IonTorrent 核心理念： 核心理念：芯片就是测序仪

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要产生较多的空穴浓度就需依赖掺杂或缺陷。在纯净的硅晶体中掺入三价元素（如硼），使之取代晶格中硅原子的位置，就形成P型半导体。对于Ⅳ族元素，半导体(锗、硅等)需进行Ⅲ族元素的掺杂对于Ⅲ-Ⅴ族化合物半导体(如砷化镓)，常用掺杂Ⅱ族元素来提供所需

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Illumina公司的Solexa测序平台，目前主流的型号的HiSeq-2500，以及Hiseq-2000，数据通量在每张Flow cell 300G数据，每次最多可以上2张Flow cell，单张Flow cell运行时间大约在11天左右

目前最常用的是二代，首先两者原理不一样，目前二代有边合成边测序的illumina还有life的半导体芯片技术，三代主要是pacbio的；三代读长长可以达到kb级别但目前测序深度和数据量较低，二代读长短一般是75到300单端测序或双端测序最长

mgi平台是超高通量测序。MGI展示了新平台DNBSeqTx其中x代表极限吞吐量，并显示了一些有限的性能数据，据负责人介绍，该平台是致力于实现基因组学全覆盖并使其打破限制且负担得起。mgi平台特点该系统与一台独立的仪器相比较，更像是一个测

网络专家 李望（1993-）基本资料中文名：李望 家乡：中国重庆 性别：男 出生年月：1993年03月16日 职业：互联网 网络推广 电子商务 个人站长 网络运营 网络营销 90后创业者，坚定追求自己的梦想，勇于拼搏

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1. 锌业股份(000751)：公司为亚洲第一大的半导体金属铟生产企业，拥有铟产能3万公斤年(30吨年），占全球十分之一左右的产能。2. ST珠峰(600338)：公司持有西部铟业(51%）股权，其精铟产能为10吨年，规模扩大后铟产能

TBtools富集过程中的一些小 *** 作 fasta2phy: cat 4.4Dsites.pl.connect4Dsites.fa | tr 'n' 't' |pipe pipe&

序列拼接：velvet,SOAPdenvoo,SSAKE,ABySS,Trinity等短序列比对：bwa,bowtie,tophat,SOAPAligner等局部比对：Blast,blat,CorssMatch等多序列全局比对：Muscle

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ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads，得到clean reads用于后续分

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