利用vmd和gromacs简单快速构建碳纳米管的gro和top文件

构建碳纳米管的方式有较多，我这里使用VMD软件中Nanotube Builder插件构建，较为简单方便。主要思路是利用VMD内置碳纳米管生成器生成gro文件格式的碳纳米管，再使用gromacs命令生成碳纳米管的拓扑文件，具体 *** 作方式为

我们可以看到构建碳纳米管的几个重要参数：

点击generate nanotube

之后返回VMD main 窗口，双击生成的新条目，可以看到构建的碳纳米管。

右键生成的新条目，选择save coordinate选项，选择将保存为gro文件。命名为cnt664.gro

具体含义可参见李老师博客。具体做法是：

完成力场修正后，我们使用如下命令将gro文件转换为top文件

gmx_mpi x2top -f cnt664.gro -o cnt664.top -ff select -nopbc -name cnt664

在按照上述引用方法将安装路径中的力场复制到执行目录并修改后，gromacs程序会让你选择使用当前目录下的力场文件亦或是安装路径下的，选择当前目录下的即可。

此时，便生成了cnt664.top拓扑文件。可以像 李继存老师 一样使用真空模拟或者加水模拟。

也可以将top文件变为itp文件，以便适用于更复杂的体系如在苯酚，NaCl溶液中放置碳纳米管。

具体 *** 作方式是删除top文件中system 和 molecules 字段，之后更改后缀名为.itp即可。

gromacs4.5.5的 amber03.ff amber94.ff amber96.ff amber99.ff amber99sb.ff amber99sb-ildn.ff amberGS.ff charmm27.ff gmx2.ff gmx.ff oplsaa.ff gromos43a1.ff gromos43a2.ff gromos45a3.ff gromos53a5.ff gromos53a6.ff encads.ff encadv.ff。

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