利用vmd和gromacs简单快速构建碳纳米管的gro和top文件

构建碳纳米管的方式有较多，我这里使用VMD软件中Nanotube Builder插件构建，较为简单方便。主要思路是利用VMD内置碳纳米管生成器生成gro文件格式的碳纳米管，再使用gromacs命令生成碳闷孙纳米管的拓扑文件，具体 *** 作方式为

我们可以看到构建碳纳米管的几个重要参数：

点击generate nanotube

之后返回VMD main 窗口，双击生成的新条目，可以看到构建的碳纳米管。

右键生成的新条目，选择save coordinate选项，选择将保存为gro文件。命名为cnt664.gro

具体含义可参见李老师博客。具体做法是：

完成力场修正后，我们使用如下命令将gro文件转换为top文件

gmx_mpi x2top -f cnt664.gro -o cnt664.top -ff select -nopbc -name cnt664

在按照上述引蚂姿链用方法将安装路径中的力场复制到执行目录并修改后，gromacs程序会让你选择使用当前目录下的力场文件亦或是安装路径下的，选择当前目录下的即可。

此时，便生成了cnt664.top拓扑文件。可以像 李继存老师 一样使用真空模拟或者加水模拟。

也可以将top文件变为itp文件，以便适用于更复杂的体系如在苯酚，NaCl溶液中放置册乎碳纳米管。

具体 *** 作方式是删除top文件中system 和 molecules 字段，之后更改后缀名为.itp即可。

博图拓扑视图自动生成的意思是说，用博图组态3个PLC，一个HMI，一个分布式IO在同一网络内，如果组态了拓圆码扑视图缺腔型，那么实际Profinet网口接的位置必须要和拓扑视图一一对应。

博图拓扑视图是包含每个设备的每个接口的，更伏猜具体。拓扑视图适合用来理清接口，选择合适型号的交换机。

1、新建一个文件夹，点击addfolder，新建拓扑名称，团尘点燃森击addnewlab。

2、设置拓扑的名字，save保存。

3、保存以后会有一皮或亩个空白的界面，右键选择Node。

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