关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种

1. blast2 （http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=blast2seq）分析了你的序列，完全匹配的序列比例比较低。完全匹配区对应第一条序列425到865碱基。你在做PCR时使用了高保真酶吗？如果没有这个结果比较合理。

2.提取完全铅返匹配序列 截断序列（425-865），重复blast2分析。这一步，序列应该是100%匹配。如果不是，序列起始或终止位点有问题。检查后，在结果页面 下载blast2的xml文件拷贝序列。

3. 用这条序列做blast。下面是物种报告。可以肯定的是你的细菌来自Firmicutes门。其他的就不能肯定了，应为所有的匹配序列都是100%匹配你瞎拆的最佳测序区段。个人感觉你的测序结果还有很大的提升空间，应该在实验上在下下功夫。

Taxonomy Report

Bacteria ............................ 100 hits4 orgs [rootcellular organisms]

. Firmicutes ........................15 hits3 orgs

. . Lactobacillus ................... 3 hits2 orgs [BacilliLactobacillalesLactobacillaceae]

. . . Lactobacillus murinus ......... 1 hits1 orgs

. . . Lactobacillus animalis ........ 2 hits1 orgs

. . uncultured Firmicutes bacterium .12 hits1 orgs [environmental samples]

. uncultured bacterium ..............85 hits1 orgs [environmental samples]

下面是磨激枣瞎猜的： 你的细菌有90%的可能性是革兰氏阳性菌，而且是低GC含量，有可能是一种工业用菌，例如酿酒。^_^

0 = pairwise,显示具体匹配信息（缺省）陪察

1 = query-anchored showing identities,查拆咐询-比上区域，显示一致芦御茄性

2 = query-anchored no identities,查询-比上区域，不显示一致性

3 = flat query-anchored, show identities,查询-比上区域的屏文形式，显示一致性

4 = flat query-anchored, no identities,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性

5 = query-anchored no identities and blunt ends,查询-比上区域，不显示一致性，无突然的结束

6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性

7 = XML Blast output,XML格式的输出

8 = tabular,TAB格式的输出

9 =tabular with comment lines,带注释行的TAB格式的输出

10 =ASN, text,文本方式的ASN格式输出

11 =ASN, binary [Integer] default = 0,二进制方式的ASN格式输出

但是如果你在网站上进行，一般就为2-5种，如0 = pairwise, 8 = tabular,7 = XML Blast output，看你在哪个站点进行了