lammps中的in文件

首先，你要认真阅读manual的read_data命令，这个命令用来读取data文件，data文件的格式manual里面有详细介绍。

改变运行次数，用run命令，后面尘毁接要运行的次伏陪数，如run 1000000

先安装vmd，打开vmd，选择file-new molecule,然后选择你的lammps输出文件。一般输出XX.lammpstrj格式和.xyz格式，如果这也不清楚的话，你看manual里派厅备面关于dump，thermo的介绍。

总之关于lammps有问题最好的解决办法就是RTFM，Read The Fucking Manual!

1.MS中建立好结构模型后，洞早在forcite模块中指定为cvff力场，注意不要执行run，直接关闭。

2.将MS建迅颤基立的模型导出成.car格式文件，同时自动产生.mdf文件(mdf文件中保存有对应的力场参数信息,如上亩谨面的cvff力场)。

3.打开command命令行，将msi2lmp.exe拖动到命令行中，空一格；将上述生成的.mdf文件拖动到命令行中，去除后缀.mdf，空一格，输入-p 1 –c 1 –frc，空一格；将lammps安装目录下的frc_files文件夹中的cvff.frc拖动到命令行中，空一格，输入-i –n -o，最后enter键执行命令生成.data文件。（注：-p –c –frc –i –n –o的具体含义请见frc_files文件夹中的README-msi2lmp.txt）

用materials studio建模转化成lammps data文件，我是用lammps里的msi2lmp工具转化的。

那个msi2lmp工具，手册第七章里面也有介绍，下载的lammps文件，tool目录下也有源代码和例子，你可以做相应的参考。

使用MS将PDB导出成car，mdf格式。

有关msi2lmp工具的使用(执行msi2lmp.exe 的权限 更改文件的使用权限):

按照以下顺序来的：

1，直接把msi2lmp.exe拷腔伍贝到指定文件夹下；

2，在ms中建立好结构模型后，在信猜ds模块或者forcite模块中指定力场类型，如对xxx结构指定为cvff力场，export结构保存为.car格式，同时自动有.mdf格式的文件生成；

3，将xxx.car和xxx.mdf文件拷贝到msi2lmp.exe所在的文件夹，并将tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中对伍坦或应的力场文件拷贝到这个文件夹中（如上面的cvff.frc）；

4，在这个文件目录下，通过终端命令行./msi2lmp.exe xxx -class I -frc cvff >data.xxx 运行程序，运行成功生成data.xxx文件和xxx.lammps05文件，data.xxx是空的可以直接删除，数据在xxx.lammps05文件中。

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