在文库构建过程中,试剂盒的选择是非常重要的,要根据不同的样本情况,选择合适的建库试剂盒。
今天小编将为大家比较Illumina 的两种常用DNA建库试剂盒—TruSeq和Nextera,看一下这两种建库方法有何异同,为后期小伙伴们建库选择试剂盒提供参考。
以下内容全是干货,拿走不谢~Illumina TruSeq DNA建库方法TruSeq DNA建库方法采用超声波方法对DNA进行随机打断,然后加接头,片段筛选和PCR扩增。
TruSeq DNA建库方法比较常用,对DNA的质量要求较低,自动化程度高,基因组覆盖度高,适合普通基因组的文库构建,缺点是 *** 作步骤较多,耗时较长。
图1为TruSeq DNA建库流程图,建库流程如下:DNA超声打断末端修复末端加”A”接头连接片段筛选PCR富集目的片段图1 TruSeq DNA建库流程图Illumina Nextera DNA建库方法Nextera DNA建库方法运用高活性的转座酶,完成DNA的片段化和加接头,具有快速、 *** 作简单和低建库起始量的优点,缺点是插入序列具有偏好性,对DNA的纯度和DNA浓度准确性要求较高。
Nextera建库方法采用转座酶随机插入并将基因组DNA打断成长度大小为300bp左右的片段,同时将测序所需的adaptor直接在插入打断的同时连接到片段的两端,缩短了建库时间、减少了样品的需求量,因此特别适合样品量有限的应用,如肿瘤活检、降解的DNA或纯化的DNA。
图2为Nextera DNA建库流程图,建库流程如下:转座酶片段打断,连接接头清洗文库DNA片段(去除转座酶)5个循环PCR加P5、P7接头和index片段筛选图2 Nextera DNA建库流程图划重点看了上面的内容是不是有点红红火火恍恍惚惚的感觉,没关系,小编为大家划重点啦~TruSeq DNA建库方法对DNA的质量要求较低,成本低,基因组覆盖度高,自动化程度高,适合普通基因组建库;Nextera建库方法 *** 作简单,耗时短,建库起始量低,适合样品量有限的样品建库。
有了小编的分享,再也不用为试剂盒的选择发愁啦~有问题的小伙伴们可以给小编留言哦~参考文献:[1]Adey A, Morrison H G, Xun X, et al. Rapid, low-input, low-bias construction of shotgun fragment libraries by high-density in vitro transposition[J]. Genome biology, 2010, 11(12): 1.[2]Lamble S, Batty E, Attar M, et al. Improved workflows for high throughput library preparation using the transposome-based nextera system[J]. BMC biotechnology, 2013, 13(1): 1.
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