比如说从标题栏中取出对应的按钮
最近总写成 selftitlesView[index]
这样是错的,正确的写法selftitlesViewsubviews[index]
一定要从subViews中取
子控制器是childViewControllers[index]
每个UITableViewCell里有个UITextField,当UITextField获得焦点时不会触发tableview的didSelectRowAtIndexPath方法,就不能知道触发是哪个cell,可以获得UITextField所在行的indexPath,方法很简单,注意两种方式。
'以下是部分 TreeView 属性方法,自己参考试着写
Trv1SelectedItemIndex 总的顺序索引号
Trv1SelectedItemKey 返回该标签的 Key 值
Trv1SelectedItemRoot 返回根标签
Trv1SelectedItemParent 返回父节点
Trv1SelectedItemChildren 返回其下有几个子节点(子)
Trv1SelectedItemChild 返回其下第一个子节点(子)
Trv1SelectedItemPrevious 返回同层的上一个节点标签
Trv1SelectedItemNext 返回同层的下一个节点标签
Trv1SelectedItemFirstSibling 返回同层的第一个标签
Trv1SelectedItemLastSibling 返回同层的最后一个标签
Trv1SelectedItemFullPath 返回从第一层节点开始以“\”分割的路径字符串
Trv1SelectedItemSelected 设置/返回该标签是否被选择(True|False)
Trv1LabelEdit = 1|2 编辑标签的模式1(自动)|2(手动)
Trv1SingleSel = True|False 返回或设置一个值,指定项目被选中时是否展开并折叠前一个。
Trv1StartLabelEdit 编辑标签开始,调用该方法时,BeforeLabelEdit 事件也同时发生。
'取得顶层(父)节点标签
If Not (Trv1SelectedItemParent Is Nothing) Then
MsgBox "顶层节点是:" & Trv1SelectedItemParent
End If
'取得同层的前一个节点标签
If Not (Trv1SelectedItemPrevious Is Nothing) Then
MsgBox "前一个标签是:" & Trv1SelectedItemPrevious
End If
'取得同层的后一个节点标签
If Not (Trv1SelectedItemNext Is Nothing) Then
MsgBox "后一个标签是:" & Trv1SelectedItemNext
End If
当今二代测序仪器中应用最为广泛的当属illumina公司的测序仪,以Hiseq-2000测序仪为例,其有2个流动槽(flowcell),每个flowcell有8条lane(通道),而单就其一条lane的测序数据量就可达44G。
然而对于目前的外显子组测序来说,测序区域大约64M,测序深度200X,总数据量也才13G,Hiseq-2000的一个lane就足以测定3个外显子组样品。以转录组来说,一个样品测序量不会超过4G,一个lane可以同时测定10个转录组样品。大体而言,外显子组测序、转录组测序、miRNA测序、lncRNA测序、ChIP测序等组数据,每个样品所需的数据量通常都比较少。
测序数据的单位
核酸序列数据是以“A、T、G、C”碱基顺序表示,而其数量的大小可以使用k、M、G等单位来表示,k代表10 3 、M代表10 6 、G代表10 9 ,例如,人全基因组大小为3G(或3Gb),也就是3X10 9 b。 此外,计算机的存储单位也是使用k、M、G等单位来表示的,不过计算机的存储单位的换算为1024进位,不同于碱基序列的1000进位。考虑到一个字母在计算机内存储为1Byte,因此粗略使用时,测序数据量可以近似等于其占用计算机的大小。
由于测序仪器的测序能力远大于测试样本序列量,为避免仪器浪费,因此一个lane同时测定多个样品成为很自然的思路。然而为了区分多种样品的序列,就必须要给不同样品加上特定的“标签”,从而可以在后续数据分析时将不同样品数据分开,而这个“标签”就是barcode。
简言之,barcode就是测序中混合样品的”身份z“,用于区分不同样品。
下图来自文献《 Multiplexed Illumina sequencing libraries from picogram quantities of DNA 》
对于illumina的hiseq平台而言,测序前,我们需要建库。
barcode的选择有两个原则:碱基平衡和激光平衡。
碱基平衡是指的需要兼顾barcode序列的平衡度与复杂度,平衡度是指的碱基的比例是均衡的(1:1是最均衡的),而复杂度是指的碱基的种类是多样的(四种碱基同时存在是最多样的)。
所以最好的barcode序列应该是同时有A、T、G、C四种碱基,且各碱基所占比例近似均为25%。
此处所说的碱基平衡是指的多个barcode之间的平衡,并非一个barcode内部的碱基平衡。举例来说,有12个转录组样品需要测定,那么就需要12个barcode(假定每个barcode长度为6位),根据碱基平衡原则,第一位barcode碱基应该尽量同时存在A、T、G、C四种碱基,且各碱基所占比例近似均为25%,也就是这12个barcode序列最佳情况应该是以A、T、G、C开头各3个。剩余5个碱基位的barcode以此类推。
在illumina测序仪中,A和C两种碱基共用一种激光,由波长660nm的红激光激发;G和T共用一种激光,由波长532 nm的绿激光激发。因此假使不能满足碱基平衡的情况下,可以退而求其次,尽量满足激光平衡。
简单来说,激光平衡就是尽量在使用的一组barcode中满足每个碱基位都是A+C=G+T。
既不满足碱基平衡,又不满足激光平衡的barcode将会有很大的数据分离隐患,或者无法分离开样品,或者无法识别某些测序片段。
Illumina推荐的12个barcode序列详列如下。
以其中的第一个位置为例(纵列),A:G:C:T=3:3:3:3=1:1:1:1。实际上,该barcode组合每个位置的碱基比例都接近1:1(具体见下表),碱基平衡度接近完美。
位置 1st 2nd 3rd 4th 5th 6th
A 3 3 4 3 3 3
T 3 3 3 3 4 3
C 3 3 3 3 2 3
G 3 3 2 3 3 3
样本数少于4种,必然无法满足碱基平衡,怎么办
如果样本数少于4种,则barcode每一个位置的碱基最多只有3种,不可能做到碱基平衡,怎么办呢?这时一定要尽量保证激光平衡,切不可在同一barcode位放置同一种荧光碱基,甚至是同一种碱基。
当然Illumina也提供了这种情况的解决方案,他们推荐的low-level pooling的barcode组合有3种,序列如下:
2重组合
3重组合
6重组合
这3种barcode组合包含有一个共同的内核:6号barcode和12号barcode。6号和12号组合是百分百激光平衡的,其每一个位置(纵列,即GC、CT、CT、AG、AT和TA)都分别属于不同的激光。也就是说,只要barcode组合中包含6号和12号,就能满足最基本的de-multiplexing要求,不至于数据完全失误。
除了illumina推荐的12个barcode,还有康奈尔大学的96个针对ApekⅠ酶建库的barcode,华中农业大学的96个针对MseⅠ酶和SacⅠ酶的barcode,美国科罗拉多大学博尔德分校的丹尼尔还发表了设计barcode的软件。
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