windows系统能不能装hmmer软件

对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统，用源代码编译安装：

% wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz % tar zxf hmmer-3.0.tar.gz % cd hmmer-3.0 % ./configure % make % make check

windows系统，直接下载二进制压缩包，解压就可以使用。

hmmer包含的程序

phmmer： 与Blastp类似，使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库；

>phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

jackhmmer： 与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库；

>jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

hmmbuild： 用多重比对序列构建HMM模型；

hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列库；

hmmscan： 使用序列搜索HMM库；

hmmalign： 使用HMM为线索，构建多重比对序列；

>hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa

hmmconvert： 转换HMM格式

hmmemit： 从HMM模型中，得到一个模式序列；

hmmfetch： 通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型；

hmmpress：格式化HMM数据库，以便于hmmscan搜索使用；

hmmstat： 显示HMM数据库的统计信息；

使用HMM模型搜索序列数据库

使用hmmbuild构建HMM模型，输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：

>hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

globins4.hmm为输出的HMM模型

使用hmmsearch搜索蛋白质序列数据库，蛋白质序列数据库为FASTA格式，命令如下：

>hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta >globins4.out

globins4.out为输出的结果文件，如下：

*示例使用官方教程中的示例

使用蛋白质序列搜索HMM数据库

构建HMM数据库，HMM数据库是包含多个HMM模型的文件，可以从Pfam、SMART、TIGRFams下载，也可以自己由多重比对序列集中构建，如：

>hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

>hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto

>hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto

>cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm >minifam

使用hmmpress格式化数据库，包括压缩以及创建索引，命令如下：

>hmmpress minifam

这个步骤可以很快的执行完成，输出的内容如下：

Working… done.

Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).

Models pressed into binary file: minifam.h3m

SSI index for binary model file: minifam.h3i

Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f

Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p

使用hmmscan搜索HMM数据库，命令如下：

>hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME

pfam网站的search，使用的也是这个网站

https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/hmmscan

界面如下：

使用同一批序列，尝试上述两种参数。结果是：gathering threshold的阈值是比上 述设置的E值要更严格的。当然，E值是可以根据需求调整的。