1. NaN
R中的无定义数用NaN表示,即“Not a Number(非数)”。
不过在R中,R实际上是把NaN视作一个数的,当其参与运算时,返回结果总是NaN。我们可以使用is.nan()函数来检测计算结果有无定义,但是需要注意的是,对于NaN而言,is.finite()和is.infinite()都会返回FALSE。
2. NA
NA表示缺失值,即“Missing value”,是“not available”的缩写
3. Inf
R中的无穷大用Inf表示(即Infinity,无穷大),负无穷表旦派示为-Inf。
要检查一个数是否为无穷,可以使用is.finite()或者is.infinite()函数
3. NULL
R语言中,NA代表位置上的值为空,NULL代表连位置都没有,变量为空,其长度为0,表明“空无一物”
将两个数据进行除法运算
而log2_foldchange就是我们需要的数据,发答拿现里面有许多 NaN、 -Inf 、Inf ,想办法进行数据清洗。模举贺
都到这一步了,再绘制两个图形玩玩:
setwd("D:/Desktop/all") #设置工作目录,处理fold值数据
library("pheatmap") #加载pheatmap包
data = read.csv('a1.csv',row.name=1) #将文件a1.csv读入到data中
data[data<-3]=-3 #对fold值进行处理,小于-3的均写成-3
data[data>3]=3 #对fold值进行处理,大于3的均写成3
pdf("a1.pdf") #将热图存入文件名为a1.pdf中,也可不先输出,使用下一条语句查看热图情况
pheatmap(data) #绘制热图 #pheatmap(data,cluster_cols=F,cluster_rows=F,show_rownames = F,fontsize = 16) cluster_cols=F 行不聚类,cluster_rows=F列不聚类,show_rownames=F去掉行宴孝名,fontsize定义字体大小;pheatmat(data, color = c("white","lightcoral")) #示例数据中只有0和1,0是白色,1是浅珊瑚色,非连续型;(查找颜色可以直接搜R颜色)
dev.off() #保存并关闭文件
#修改颜色后晌哗稿再绘制热图
color<-colorRampPalette(c('#436eee','white','#ee0000'))(100) 芦灶#颜色设置呈蓝至红渐变,要修改颜色的话,直接改变括号内颜色
pheatmap(data,color = color, cluster_cols=F,cluster_rows=F,show_rownames = F,fontsize = 16) #添加颜色项
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