R语言 热图-组学分组数据+归一化

R语言 热图-组学分组数据+归一化

Windows 10

R-404

R Studio: Version 121335

输入下列指令，从CSV文件导入数据，出去表头，为（6+6+6）85矩阵数据，赋给test1变量

test1 <-readcsv("C:/Users/Administrator/Desktop/YsJ/sz/zzwkP1csv",header=TRUE)

输入 test1 显示下列

输入如下指令,归一化矩阵数据，并赋值回来

test1 <- scale(test1)

结果如下图

输入如下指令

pheatmap(test1)

Step1 绘图数据的准备

首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式, 在excel中保存成csv。

数据的格式如下图：

Step2 绘图数据的读取

data <- readcsv(“your file path”, header = T)

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Step3绘图所需package的调用

library(pheatmap) ## 调用之前先安装installpackages("pheatmap")

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Step4绘图

df <- data[,-c(11,12)]

bk <- c(seq(-3, 2,by = 001))

pheatmap(df,

cluster_cols = F, cluster_rows = F, scale = "none",

treeheight_col = 0, treeheight_row = 0,

display_numbers = F,

border_color = "black",

color = colorRampPalette(c("blue","white", "red"))(length(bk)))

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调整行标签

得到上图之后，小仙发现行名是"1", “2”, “3”… ，并不是想要的"Group 1"，“Group 2”, “Group 3”…

原来需要将df的rownames重新赋值一下

rownames(df) <- data$Group

rownames(df)

pheatmap(df,

cluster_cols = F, cluster_rows = F, scale = "none",

treeheight_col = 0, treeheight_row = 0,

display_numbers = F,

border_color = "black",

color = colorRampPalette(c("blue","white", "red"))(length(bk)))

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添加行注释

很多时候数据不只一列标签，在画热图的时候除了行名或者列名之外，还要添加注释标签

annotation_row = dataframe(Class = factor(data$Class))

rownames(annotation_row) <- data$Group

pheatmap(df,

cluster_cols = F, cluster_rows = F, scale = "none",

treeheight_col = 0, treeheight_row = 0,

annotation_legend = T,

display_numbers = F,

annotation_row = annotation_row,

border_color = "black",

color = colorRampPalette(c("blue","white", "red"))(length(bk)))

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调整热图色块和行注释的颜色

mycolors <- c("#66C2A5","#FC8D62","#E78AC3")

names(mycolors) <- unique(annotation_row$Class)

mycolors <- list(Class = mycolors)

pheatmap(df,

cluster_cols = F, cluster_rows = F, scale = "none",

treeheight_col = 0, treeheight_row = 0,

annotation_legend = T,

display_numbers = F,

annotation_row = annotation_row,

annotation_colors = mycolors,

border_color = "black",

color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(length(bk)))

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采用默认颜色

如果希望使用pheatmap包默认的色块颜色，只要将以下的语句删掉就可以。

最近一直在学习转录组分析，在绘制差异表达基因热图的时候遇到了个坑？我发现的做出来的热图和别人不一样。如下图所示，图1是我的，图2是别人家的。

怎么解决呢？直接取对数吗？

如果对表达量去一下log10，发现10000变成了4，10变成了1，这样之前离散程度很大的数据就被集中了。

聚类分析中均一化是如何计算的？

表达矩阵每行数据的各个数值减去每行数据的均值，再除以每行数据的标准差。

详细的数据规范化（归一化）、及Z-score标准化可参考教程 >

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