HPC, SGE, Linux cluster, Top500 Systems的服务器是属于什么类别的服务器？

hpc 就是比较薄的那咋 小机箱 台式机

linux 是开源的系统分很多种系统

top500 不知道是神马

cloud computing 云主机 就是虚拟机 一台服务器里面虚拟出来多个系统.

MapReduce是一种编程模型 跟服务器没啥关系.

GPU是处理图片的.

CUDA(Compute Unified Device Architecture) 显卡的处理平台.

OpenCLOpenCL(全称Open Computing Language，开放运算语言)

echo "scsi add-single-device x y z u" >/proc/scsi/scsi

其中：

x是硬盘所在SCSI控制器号（一般机器就一个SCSI控制器，所以就是0）；

y是硬盘所在SCSI通道的编号（一般单通道的就是0，多通道的要看是哪个通道了）；

z是硬盘的SCSI ID号（可以通过具体插入的硬盘插槽来判断）；

u是硬盘的lun号（默认情况都是0）

Sun网格引擎（Sun Grid, SGE）是一种来自于 SUN Microsystem的分布式资源管理和调度系统，它用来在基于UNIX的计算环境中优化软件和硬件资源的使用。SGE能用于查找资源池内的闲置资源并利用这些资源（将用户投递的任务进行排队，然后将任务交给能够运行的结算节点执行）；它同样用于通常的一些事务中，例如管理和调度作业到可用资源中。当然，作业调度系统的种类有很多，除了SEG，常见的还有Condor、负载共享设施（LSF）、便携式批处理系统（PBS）。

SGE的工作流程可以分为四步：

主控节点 ：主控节点是所有集群活动的中心，控制SGE系统组件。一般情况，主控节点也是管理节点和提交节点。

执行节点 ：执行节点有权限执行作业的系统，执行节点有附加到它上面的队列。

管理节点 ：管理节点有权运行SGE系统的任何类型的管理 *** 作。

提交节点 ：提交节点只允许用户提交和控制批处理作业。具体说，用户登陆后，可以使用 qsub 命令提交作业，使用 qstat 命令监控作业状态。

管理人员 ：管理人员拥有完全 *** 作SGE系统的能力。默认情况，管理主机的超级用户都具有管理人员权限。

*** 作员 ： *** 作员可以执行很多管理人员命令，但是进行配置更改除外。

拥有者 ：队列拥有者可以暂停或者启动其拥有的队列，还可以暂停或启动其拥有的队列中的作业。队列拥有者没有其他管理权限。

用户 ：用户有一定的访问权限。

其中：

qconf -sel 显示“执行主机”列表

qconf -sh 显示“管理主机”列表

qconf -ss 显示“提交任务主机”列表

qconf -sql 显示“集群队列”列表

qconf -spl 显示“集群并行环境”列表

使用 qsub 进行任务投递时需要添加参数来调整 qsub 的行为。下面只列几个常用的参数。

任务解释 ：使用 bowtie 将 A_1.fq 和 A_2.fq 和参考基因组比对生成bam文件，然后再使用 samtools sort 将bam排序获得 A.bam 。

qsub 命令解释 ：申请8个线程并使用openmpi进行运算（同时申请内存25G），这里定义任务名称为 A.bt2

编辑shell脚本 test.sh ，内容如下

投递时直接 qsub test.sh

qstat 是一个非常有用的任务查询命令

qselect 的语法： qselect [options]

常用参数：

qselect -U 查看指定用户的可用队列节点

qselect -q 查看指定队列有哪些可用节点

attention : qmod -s 和 qmod -us 还可以用于暂停和启动队列，

前提是拥有对应的队列管理权限。

qalter 语法： qalter [参数] 修改内容 jobid

常用参数：

-q ：修改指定队列

-l ：修改限制资源

-N ：修改指定作业名称

-P ：修改指定项目名称

这里以修改指定作业名称 qalter -N 举例吧：

qdel 常用的参数：

-f 强制删除

-u 删除指定用户的作业

---