例如:
netstat -a | grep "probe"
上面的命令将会显示出所有关于探针的信息。
(转载,仅供参考)a) 针对双标记探针的引物和探针设计的规则
所选序列应该高度特异。应该选择具有最小二级结构的扩增子。这是很重要的,因为二级结构会影响反应效率。在任何实时应用中期望获得100%的扩增反应效率,这意味着每次循环中,体系内的扩增子都有两倍的增加。如果二级结构在热力学上比寡聚目的基因更稳定,那目的基因的杂交将会失败。二级结构还会阻碍酶的扩增。如果扩增子的二级结构不能避免,则引物的退火温度要相应提高。在整个过程中,我们要进行BLAST和类似的分析,以确保特异性。
通用原则
1, 先选择好探针,然后设计引物使其尽可能的靠近于探针。
2, 扩增子的长度应不超过400bp,理想的最好能在100-150bp内,扩增片断约短,有效的扩增反应就越容易获得。较短的扩增片断也容易保证分析的一致性
3, 保持GC含量在20%和80%之间,GC富含区容易产生非特异反应,从而会导致扩增效率的降低,及在SG分析中非特异信号。
4, 为了保证效率和重复性,应避免重复的核苷酸序列,尤其是G(不能有4个连续的G)
5, 将引物和探针互相进行配对检测,以避免二聚体和发卡结构的形成。
b),探针设计指导
1,在设计引物之前设计探针
2,探针的Tm值应在68-70℃之间,如果是目测探针,则要仔细审查GC富含区。
3,探针的5’端要避免有鸟氨酸,5’G会有淬灭作用,即使被切割下来这种淬灭作用也还会存在
4,选择C多于G的链作探针,G的含量多于C会降低反应效率,这时就应选择配对的另一条链作为探针。
6, 探针应尽可能的短,不要超过30个bp。
7, 检测探针的DNA折叠和二级结构。
c), 引物设计指导
1,引物的Tm值应在58-60℃之间,这非常重要,因为我们的试验一般都使用退火温度为60℃,在这个温度下,5’核酸外切酶的活性最高。
2,引物末端(最后5个核苷酸)不能有超过2个的G和C。
3,将引物尽量接近于探针
d循环参数
当引物和探针按照上述原则设计好后,循环的参数也就确定了,当经过起始的变性温度后(根据Tag酶要求设定),反应要经过95℃,15-20秒,60℃60秒,对于一些模板,45秒也足够了。数据在退火时检测。
e)怎么优化探针和引物的浓度
对于双探针反应,通过选择探针和引物的浓度来优化反应结果,,能获得最低的CT值,以及相对于背景来说荧光值有最高的增长。
引物浓度应该在50nM -900nM 范围内进行优化,下面的表格显示了前后引物9种可能浓度组合的结果
探针浓度应该在50-250nM范围内优化
前引物
后引物 50 300 900
50 50/50 300/50 900/50
300 50/300 300/300 900/300
900 50/900 300/900 900/900
探针的浓度应该从(50,100,250nM)与9种引物浓度相组合,也既是27种可能根据前面所述的循环参数,在Rotor-Gene上进行试验,
选择最小CT值和最高反应扩增的曲线做后续试验。
g) 进一步的提示
通常所用的探针和引物浓度分别为250nM 和900nM,绝大多数反应都可以在这个浓度下进行,但为了寻找最佳的浓度,还是应该依照上述的步骤。
由于引物溶解温度预测的差异和多种探针设计程序,因此使用三种退火温度(58,60,62℃)对优化是很有用的。
引物的浓度也会影响溶解温度,高的引物浓度会让溶解温度提高2度左右。
Primer3是个非常有用的软件,但他不能避免3‘端的G,所以我们将3’端的G去除,并观察探针的退火温度是否比引物高8-10度。
f)定量数据的分析
分析定量数据主要有两种基本的方法
i)绝对定量
ii)相对定量
研究人员应该根据扩增子和试验目的来决定如何分析定量数据
h) 绝对定量
绝对定量是将未知样品与标准曲线相比较进行分析,一般标准品就是一个已知绝对浓度的DNA样品,关于何种标准品用于标准曲线一直有很多讨论,理想的标准品其扩增方式应该是与待测样品一致得,然而这往往是不可能的。一些人会克隆他们得目的基因,并与未知样品比较。要注意得是,绝对定量分析的准确性是依靠标准品的准确性得。
在Rotro-Gene 上可以用几种方法来分析绝对定量数据。包括标准曲线在内的,R值,反应效率都会被呈现出来。也可以从以外的分析中调用标准曲线并让它与一个标准品相调整,(或重复相同的标准品),这个功能在确定斜率的重复性好与Y截距的基础上完成。对一个标准曲线来说,一个单独的标准品就已经足够了。我们也可以在不同的通道甚至一个通道内绘制多条标准曲线。最后提到的功能主要是为了那些想用SYBR-Green分析两个基因的使用者。
ii)相对定量
相对定量是指两个或更多的基因互相进行比较,其结果是一个比率。没有确切的数字被检测道。一种检测基因表达相对定量的方法叫“比较CT值法(⊿⊿Ct)
这种方法可以彻底不需要标准曲线,通过观察与一个动态相关对照比较的表达水平(normalizer),从而可以将模板与增加的样品间进行相对定量。要使这种方法成功,目的及参照的动态范围应该相类似。相对的一个敏感的方法就是看⊿Ct(相同的起始模板浓度,两个扩增子的两个CT值的差异)随着不同稀释度的模板有什么变化。如果两个扩增子的反应效率大致相同,则the plot of log input amount versus ⊿Ct 将是一条水平线(斜率<0.01)。这以为着在初始模板浓度范围内,两个扩增子有相同的反应效率。如果检测发现效率不一致,则应该用标准曲线来对基因表达进行定量,或优化反应使得获得一个类似的效率。动态范围应该有下面两点决定(1)目的基因使用最小和最大的浓度其结果都是准确的(2)两个基因的最小和最大的定量比值都是准确的)
引物设计和探针设计(即荧光探针)有3点不同,相关介绍具体如下:
一、两者的用途不同:
1、引物设计的用途:用于PCR扩增技术。
2、探针设计的用途:用于标记待定的核苷酸片断,用与特异性地、定量地检测核酸的量。
二、两者的实质不同:
1、引物设计的实质:一小段单链DNA或RNA,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。
2、探针设计的实质:在紫外-可见-近红外区有特征荧光,并且其 荧光性质(激发和发射波长、 强度、寿命、 偏振等)可随所处环境的性质,如极性、折射率、粘度等改变而灵敏地改变的一类荧光性分子。
三、两者的原则不同:
1、引物设计的原则:
(1)长度:15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性。
(2)G十C含量:应在40%一60%之间,PCR扩增中的复性温度一般较Tm值低等于引物的Tm值减去5—10度。引物长度小于20时,其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T)。
(3)碱基分布的随机性:应避免连续出现4个以上的单一碱基。尤其是不应在其3’端出现超过3个的连续G或C,否则会使引物在G十C富集序列区错误引发。
(4)引物自身:不能含有自身互补序列,否则会形成发夹样二级结构。
(5)引物之间:两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基,不然会形成引物二聚体,尤应避免3’端的互补重叠。
(6)上下游引物的互补性:一个引物的3‘末端序列不允许结合到另一个引物的任何位点上。
(7)3’末端:如果可能的话,每个引物的3‘末端碱基应为G或C。
(8)引物应当超出限制性内切酶识别位点至少3个核苷酸。
2、探针设计原则:
(1)靶基因的确定:选择检测组共有的基因以避免检测的假阴性(漏检)。
(2)检测片段的确定:选择检测组内的保守(突变少)(避免假阴性)、组间特异的序列(突变多)(避免假阳性)作为引物探针的设计位置。片段长度70-150bp。
(3)引物:长度17-25bpGC含量30-80%;退火温度(Tm值)58-60℃;避免稳定的引物二聚体(特别是多联检测)及发夹结构(自由能大于-3.5kc/m);序列不能出现连续的G,3’端避免G或C,最后5个碱基内避免两个以上的G或C。
(4)探针:长度20-30bp(Taqman)或16-25bp(MGB);GC含量30-80%;Tm值为68-70℃;避免稳定的二聚体及发夹结构(自由能大于-3.5kc/m);5’端不能是G;位置尽量靠近上游引物;选择波长差异较大(多联检测)或Fam(单联检测)的荧光标记。
参考资料来源:百度百科-引物设计
参考资料来源:百度百科-引物设计原理
参考资料来源:百度百科-荧光探针
欢迎分享,转载请注明来源:内存溢出
评论列表(0条)