【orthofinder】在被限制进程的服务器中使用注意事项

这阵子开始做比较基因组的项目，由于没有root而且也不想折腾orthomcl，所以首选orthofinder，故而先是安装，这次使用conda安装

安装完成之后，本来打算用raxml进行建树 *** 作的，但一旦软件进行check的时候，就会发现raxml没有安装，但你检查一下raxml确实是已经安装好了的，这时你进去orthofinder的配置文件，就会发现原来默认用的是raxmlHPC-AVX，而你检查的时候只有raxmlHPC-AVX2，所以需要进去修改一下

而后就可以选择跑程序的选择了

然后就是等，结果一等就是5天，我以为跑完了，结果就这样报错了

百度查了一下原因，原来是使用shell时候，默认环境里是直接服务器多少线程就多少线程，即使你被限制了，软件还是默认你有那么多线程，如果达不到就会报错，故而我们需要在软件中限制一下运行环境中的线程数，提前给软件一个提示，我这里就只有这么多线程，你不能超过这个数，然后软件检查的时候，已经被你提前通知了就不会报错了，具体修改方法如下：

再次运行就不会报错了。

同时如果服务器被限制到线程，在运行一些java软件的时候也会出现GCthreads报错，这个真的就是看用的软件的运气了，如果软件写得好，那可以通过下面这样来限制环境的线程数

正常就可以运行了，但是类似tassel这个坑爹软件的话，会提示

如果你不做限制，或者限制接近你被限制的线程总数，则会提示这样的报错

具体接近看我后面怎么试了，幸好还有其他服务器可以用，转移一下数据就行，但也是够烦的，祝大家都买得起自己的塔式服务器，当自己的管理员，不用被限制到

那是你的并发数不多，当你在处理的时候需要很长时间，那么后续的连接就会连接等待，或者连接失败。一般是用线程。不过在linux下他们有更强大的 fork。还有一些基于事件驱动的框架也不过。像windows下的IOCP，linux下的epoll， BSD下的 kqueue等

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