如何将测序数据上传到NCBI的SRA数据库

一般上传数据到NCBI SRA的过程需要6步：

1、Create a BioProject for this research

2、Create a BioSample submission for your biological sample(s)

3、Gather Sequence Data Files

4、Enter Metadata on SRA website

a、Create SRA submission

b、Create Experiment(s) and link to BioProject and BioSample

c、Create Run(s)

5、Transfer Data files to SRA

6、Update Submission with PubMed links, Release Date, or Metadata Changes

需要注意的一点是，上传的过程中很多地方一旦保存或提交就不可以修改，尤其是各处的Alias。但是，可以联系NCBI的工作人员修改内容。NCBI的工作效率是很高的，一般不超过48小时，就可以得到确认，并拿到登录号。

pacbio测序数据上传到sRA数据库。. 1.注册并登入NCBI帐号,然后进入NCBI submission portal,选择SRA数据库

2. 在数据库介绍页面选择文件上传方式

3. 安装完之后,返回数据库介绍页面。点选创建新任务

xshell连接NCBI服务器 输入命令 ftp

连接成功后输入账号 密码

mkdir命令创建一个文件夹，以你的BioProject accession命名

FTP 连接成功后连接成功后

进入刚才建立的BioProject文件夹

把原始数据拖进去即可

传输过程中，如果一定时间（五分钟？）没有激活传输界面，可能会导致连接断开

进度可能会一直停在99%，重新连接成功后，也一直卡在99%，不过似乎数据还是上传成功了的

传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失 传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失

全部文件夹都传输成功了会变成queued

然后就等NCBI处理了

---