如何分析突变频谱和cosmic 数据库的相似度

如何分析突变频谱和cosmic 数据库的相似度,第1张

1、对于突变位点的信息记录较为详细,包括文献出处、样品名称、组织类型、涉及到的癌症种类和具体的突变内容。

2、库中包含了处于不同时期的肿瘤组织体细胞突变数据和处于不同时期的肿瘤细胞系突变数据。

3、库中既有对某一基因突变现象的综合统计,也有对针对某一肿瘤组织或癌症细胞系的所有突变信息统计。

4、库中还保存有融合基因信息。

先根据F1代的表现型的数目确定哪个是双交换,因为双交换的概率最低,后代粒数最少的就是进行了双交换的,其实双交换就是基因上三对等位基因进行了两次交换,画一下图可以看出本质上就是只有其中一对基因换了位置,实际上交换了位置的那两对基因因为换了两次相当于没换,所以双交换基因型与亲本基因型进行比较,哪对基因变了哪对基因就位于中间,这样就确定了这三对基因的相对位置了。

要看它有没有突变,最原始、也最可靠的方法就是把这个基因扩增出来进行测序。

COSMIC(Catalogue Of Somatic Mutation In Cancer http://www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/)数据库收集了人类癌症研究中的样本、基因突变和基因变异等详细信息,在 2012 年 9 月更新后的数据库中共收集了 77 万余个样本中的 40 万余个突变。

Hela细胞系属于宫颈癌,你可以到相应的目录下去找找。


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