怎样用 NCBIblast 做蛋白质同源性分析详细点

将需要比对的蛋白质序列选中，在BLAST界面Enter Query Sequence下面的大框中输入，如果是和数据库所有的蛋白质序列进行比对，再下面的Choose Search Set中选择需要比对的数据库。Program Selection中的比对可根据个人需要进行选择。

如果进行两两比对，或者多个序列的比对，在Enter Query Sequence框中选中Align two or more sequences，在d出的框中，输入你需要比对的序列，最后点击BLAST即可。

结果得分越高，同源性越高，E值是期望值，得分越低同源性越高

扩展资料：

由于进化上或个体发育上的共同来源而呈现的本质上的相似性，但其功能不一定相同，如狗的前肢和鸟的翅。从分子水平讲则是指两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度。虽然同源性须通过序列测定来检验，但是DNA-DNA或DNA-RNA杂交可提供有价值的估计。

参考资料来源：百度百科-同源性

到NCBI官网，数据库选择protein，输入蛋白质名称，然后再结果里找物种为human的结果，拿到这个序列到NCBI的Blast里比对，程序选择Blastp，比对结果中肯定至少有一个是小鼠同源蛋白。或者直接用clustalX把human，mice的蛋白序列直接比较。

40%

比较建模法是基于知识的蛋白质结构预测方法，又称为同源结构预测，是根据大量已知的蛋白质三维结构来预测序列已知而结构未知的蛋白质结构。

按照目前的定义，若待模型构建蛋白质的序列与模板序列经比对（ alignment ）后的序列同源性（ sequence identity ）在 40% （也有人认为在 35% ）以上，则它们的结构可能属于同一家族，它们是同源蛋白（ homology ），可以用同源蛋白模型构建的方法预测其三维结构。因为它们可能是由同一种蛋白质分化而来，它们具有相似的空间结构，相同或相近的功能。因此，若知道了同源蛋白家族中某些蛋白质的结构，就可以预测其它一些序列已知而结构未知的同源蛋白的结构，可以用同源模型构建的方法预测未知蛋白质的三维结构。 常用的数据库是swiss-model和interproscan。

如果序列不大的话，推荐2楼的做法

如果是整个基因组的话，就有点复杂了。提供个想法，可以先选定其中一个物种的所有基因，然后再以这个物种的基因去blast其它几个物种的cDNA，以此来寻找同源序列。当然这需要编程来完成，不可能手工 *** 作。推荐可以参考下转录因子结合位点预测的算法

转录本是一个基因序列通过一种剪切后所得的能RNA以前说转录本都是说表达蛋白的现在LncRNA的研究多了,也说是一个转录本了还有没有参考基因组序列的,一般是不可能去GO功能注释的因为去功能注释的时候要有一个背景

人胰岛素的一级结构序列如下;

MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG

GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

鼠胰岛素的一级结构序列如下;

MALWMRFLPLLALLFLWESHPTQAFVKQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPMSRREVEDPQVAQLELGG

GPGAGDLQTLALEVAQQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

比较如下;

放大以及加下划线的是人与小鼠相同的一级结构序列。不同的一级结构序列是字体比较小的那部分。

从两者的比较中，我们可以知道，人与小鼠的胰岛素一级结构序列基本相同，只有一些个别部分不同。

说明了：一级结构不同，生物学功能各异

一级结构中关键部位相同，其功能相同;关键部位改变，生物活性也改变

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