如何预测LncRNA靶基因

有免费的在线数据库可以预测，比如 StarBase，这是一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合多个预测软件，预测miRNA靶基因，包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。构建了最全面的包含了14种癌症类型（>6000个样本）Pan-Cancer（泛癌）表达图谱和互作网络。

lncRNA其实也是基因的一种转录本，所以你可以到那些RNA相关的大数据库比如ncbi，hgnc等。你也可以到那些专一收集整理lncRNA的数据库比如lncRNAdb

LNCipedorg这些数据库中去查询。。肯定能找得到。。

给你一个大致的筛选标准：

（1）选择长度≥200bp，Exon个数≥2的转录本；

（2）通过计算每条转录本的Reads覆盖度，选择Reads最小覆盖

度≥3的转录本；

（3）去除已知的mRNA转录本(通过和已有注释文件比对)

（4）去除已知的非编码RNA转录本（比对一些已有的lncRNA数据库了）

（5）去除有蛋白家族的转录本（能够注释到Pfam数据库）；

（6）去除有编码潜能的RNA（CNCI，CPC，这两款软件都可以给出一个编码能力的预测）

你说的这三类都是非编码RNA,不编码蛋白质 smallRNA一般指用来描述细菌中发现的那些微小RNA,不过也被用于描述其他物种的非编码RNA,比如microRNA,siRNA,snoRNA等等,一般长度在20-30个核苷酸microRNA属于smallRNA的一种,长度在22个核苷酸左右,通过靶向靶基因的3‘UTR抑制或者降解靶基因的表达,从而达到调控基因表达的目的lncRNA是最近才火起来一类非编码RNA,长度大于200个核苷酸,作用机制尚不太十分明确 目前已经有很多成熟的数据库来存储这些非编码RNA,比如mirbase,tarbase,lncRNAdb,lncipedia等等,你可以去这些数据库查找你想要的信息

希望能帮到你

你说的这三类都是非编码RNA，不编码蛋白质。 smallRNA一般指用来描述细菌中发现的那些微小RNA，不过也被用于描述其他物种的非编码RNA，比如microRNA，siRNA，snoRNA等等，一般长度在20-30个核苷酸。microRNA属于smallRNA的一种，长度在22个核苷酸左右，通过靶向靶基因的3‘UTR抑制或者降解靶基因的表达，从而达到调控基因表达的目的。lncRNA是最近才火起来一类非编码RNA，长度大于200个核苷酸，作用机制尚不太十分明确。 目前已经有很多成熟的数据库来存储这些非编码RNA，比如mirbase，tarbase，lncRNAdb，lncipedia等等，你可以去这些数据库查找你想要的信息。

希望能帮到你。。

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。

10、miRanda和microRNAorg

是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。

13、miRGator v20

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

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