如何获得miRBase中所有的成熟miRNA的序列信息

嘿嘿，这个很简单，我来告诉你：你首先登入mirbase数据库，进入到download页面，其实就是这个网址：>

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。

10、miRanda和microRNAorg

是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。

13、miRGator v20

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

归一化 

microRNA芯片采用的归一化的方法为quantile normalization，loess normalization。

差异基因筛选 

microRNA的差异筛选，同表达谱的筛选方法是一致的，参见表达谱的差异基因筛选。

miRNA靶基因预测 

microRNA结合在靶基因的3’ UTR，下调靶基因．miRNA靶基因预测有多种方法．我们利用TargetScan数据库关联microRNA的靶基因。

4 miRNA与靶基因网络图 

    将显著性功能与显著性Pathway所包含的靶基因取交集后与microRNA构建基因与microRNA调控网络（待确认），可以在全局的水平上直观的反应基因之间的相互关系，同时反映了基因调控网络的稳定性。根据网络中microRNA的位置函数计算出microRNA在网络中的关系强度，即microRNA的网络特征值。特征值最高microRNA处于网络的枢纽性地位，该microRNA调控能力最强，对网络结构和样本性状有重要的调控价值，同时从网络中也可以得到被microRNA调控的关键靶基因。

5 miRNA－GO　Network 

miR-GO Network利用靶基因的功能注释与microRNA-mRNA靶向调控关系，构建microRNA功能调控的网络图。网络图可发现MicroRNA调控的多种基因功能，并通过网络分析，得到核心调控microRNA以及microRNA调控的核心基因功能。

6 miRNA－Pathway Network 

miR- Pathway Network与miR-GO Network类似．利用靶基因的Pathway间相互作用关系，与microRNA-mRNA靶向调控关系，构建miR- Pathway调控的网络图。网络图可发现MicroRNA调控的多种信号通路，并通过网络分析，得到核心调控microRNA以及microRNA调控的核心信号通路。

7 miRNA的转录因子的预测 

为了研究miRNA的调控机制，首先预测miRNA的promoter区域，根据miRNA的promoter区域，利用HMM来预测结合的转录因子。 

8 miRNA与表达谱芯片平台的联合分析 

miRNA与表达谱芯片平台的联合分析除了和甲基化与表达谱芯片分析类似外，还可以将miRNA预测的靶基因和表达谱芯片的差异基因取交集，进行miRNA-DiffGene-Network。

给NCBI的序列,都会付给一个编号,而

且这个编号对应的序列不可更改这个编号对应这个唯一的一条序列,类似与我们用的身份z号因此,利用GI在NCBI中查询时,你只要把数据库（蛋白质/

核苷酸）选对,只要输入这个号码就可以把相应的序列调出来

值得一提的是登录号（Accession Number）每一个递交的序列,除了获得一个GI号,还会被赋予一个登录号递交序列的作者利用登录号对序列进行修改和完善每一次修改的序列会获得一个新的GI号,登录号不变,但会追加一个流水的版本号

因此,GI号和带版本号的登录号都唯一定位到唯一条序列

MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，目前发现的数量就那么几条，从基因组DNA上转录下来，经过两次剪接，成为成熟的MiRNA。

给你三个数据库和软件：

miRbase：microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。

Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。

用一些预测软件，例如TargetScan、miRDB等。

可以同时使用几个软件预测，挑选出重叠的靶标，进行靶标验证。一般预测的靶标都是3'UTR区有结合位点，因此通常使用双荧光素酶报告实验来证明是否真的是直接靶标。然后通过mimics、inhibitor处理，发现靶标确实发生了相应的变化则证明为直接靶标。

miRNA的机制一般是作用于靶基因转录mRNA后的3‘UTR段，使得mRNA被分解，无法翻译成蛋白质，因此它们对靶基因都是抑制作用的。

由于每个靶基因都可以由多个miRNA调控，一个miRNA也可能调控多个靶基因，所以你首先得确定你要研究的是哪个靶基因或者哪个miRNA，然后再在数据库中寻找其对应miRNA或者靶基因，再设计实验去证明两者之间的联系。既然你选择的是抗肿瘤作用，那你应该选择原癌基因或者作用于原癌基因的miRNA。

细胞生物学层面，你可以用质粒将miRNA导入选定的细胞系，造成细胞内的某种miRNA高表达，再检测你查找到的对应靶基因的蛋白产物，如实验组比对照组低则有效。

流行病学层面，你需要检测肿瘤组织标本中的miRNA及其靶基因蛋白产物含量，再与对照的正常组织比较。

这只是一个大致的思路，具体实验设计步骤还要靠你自己，中间有很多细节问题没法讲清楚，只要自己去摸索解决，能做到哪一步就看你的能力了。

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