求个肺癌相关 miRNA数据库，最好是中文的，求个链接

以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：

（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。

（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。

（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。

（5） targetScan:

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。

（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。

（7） PITA：基于靶位点的可接性（target-site

accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：

（8） RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。

（9） miRanda和microRNAorg：是著名的Memorial

Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。

（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright

实验室开发的microRNA靶标数据库。

（11） miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。

（12） miRGator

v20：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。

（13） MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。

（14） miRDB:

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。

（15） RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。

（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。

（17） Targetfinder:

使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。

（18） miRU, psRNATarget:

一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。

（19） CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。

（20） Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。

嘿嘿，这个很简单，我来告诉你：你首先登入mirbase数据库，进入到download页面，其实就是这个网址：>

请问将二代测序得到的序列比对到miRBase鉴定已知miRNA时，应选择miRBase中的mature序列还是hairpin序列啊？

看到miRBase中同时有hairpinfa和maturefa两个数据文件，迷惑了

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。

10、miRanda和microRNAorg

是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。

13、miRGator v20

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

本人自大三就开始做生物信息，现在即将读博士，希望我的经验可以帮助到你。

既然你是想做生物信息学，那么相关背景什么的会了解一些，我在这就不多说了。

首先，确定你自己的背景专业，现在很多学校本科都没有专门的生物信息学专业，都是挂靠在生命学院或者计算机学院的。所以背景专业一般都是生物学或计算机学，不同的专业将来做生信区别会很大。当然，做什么方向和背景专业并没有绝对关系。

如果是生物学背景，那么将来大部分的工作将会是使用专门的生物信息学分析软件。所以难度会降低。自学的话，主要学几下几点就好：

1、一门脚本语言，个人推荐Python（Perl也可以，各有利弊，Python更新兴一些）。

2、Linux系统。这个也不是百分百要求，但是专业的生信人，都是用Linux的，而且很多软件都是不支持Windows的。

3、常用的生物信息学数据库，这里列出几个，NCBI，Ensembl，EBI，GENEbank等等，这些数据库下面还分子数据库，像GEO，GWAS catalog等。当然，还有方向更细的，像miRBase（miRNA数据库）等。

4、R，这也是一种编程语言，但更加侧重结果的展示，实际上也就是画图。

5、常用生信分析软件，这个没必要专门去学，需要用到他们的时候再学也不晚，都是很简单的东西。

如果是计算机背景，那么以后的工作可能主要是算法分析，创造新的生信分析软件，做数据库等。需要自学的就是以上的那些，再加一门工程语言，C，C++，C#，Java都可以。

根据给出相关的文献，组织类型，检验的方法等数据可以检验数据库。

可以同时输出miRNA和gene, 也可以只输入其中一种进行检索。输入的miRNA名称需要符合mirBase数据库中的miRNA名字的格式，对于gene, 支持gene symbol和ensembl gene ID两种格式。

数据库受损，需要修复。

mirtarbase 是一个用于收集的，经过实验验证过mirna靶基因的数据库，对于每条mirna靶基因的记录， 都会赋予1个唯一的 mirna-target interactions （简称MTS） 编号。

网络延迟。mirbase显示一直在搜索中，是因为网络延迟的问题，该数据库网速需求量比较大，占用网速较多。mirbase数据库，数据管理不再仅仅是存储和管理数据，而转变成用户所需要的各种数据管理的方式。

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