如何使用基因注释软件dogma

同源建模(Homology Modeling)和蛋白数据库(Protein Database)是生物信息学中两个重要的概念，虽然它们都与蛋白质有关，但是它们的意义和作用不同，下面进行详细的说明。

同源建模(Homology Modeling)是一种利用蛋白质序列相似性预测蛋白质三维结构的方法。通过比对已知结构的蛋白质和目标蛋白质的序列相似性，将已知的结构模板应用到目标蛋白质上进行模拟，最终得到目标蛋白质的三维结构。同源建模需要依赖一些已知的蛋白质结构数据库，例如PDB（Protein Data Bank）。同源建模可应用于一些新发现的蛋白质，或者是一些难以通过实验手段获得的蛋白质结构，对于研究蛋白质的结构与功能具有重要意义。

蛋白数据库(Protein Database)是指收集和管理各种蛋白质结构信息的数据库，包括各种蛋白质的三维结构、二级结构、拓扑结构、氨基酸序列和功能等多种信息。蛋白数据库是一个包含海量关于蛋白质的信息资源库，包含了全球各地研究人员的数据成果，为研究蛋白质的功能和结构提供了方便。

可以看出，同源建模和蛋白数据库的区别在于其关注的重点不同。同源建模着重于预测蛋白质的三维结构，依赖于已知的蛋白质结构信息，而蛋白数据库则是对多种蛋白质结构信息的集成和整理，为研究人员提供了海量的资源和数据分析工具，以及对于蛋白质结构和功能的解析和注释。两者紧密联系且相辅相成，均为研究蛋白质的结构与功能提供了重要的支持。

之前，世界上最广泛使用的蛋白数据库为瑞士的SWISS-PROT计划建立的数据库,

NHGRI的项目主任Peter Good介绍说。但由于编辑详细蛋白结构数据库时间紧迫，再加上

资金短缺，SWISS-PROT无法跟上基因组学飞速前进的步伐，Good说。这种形势导致了

TrEMBL的产生，这是计算机注释的SWISS-PROT分支数据库，目的是暂时储存日益增多

的蛋白质结构信息。另外，美国的蛋白信息资源（Protein Information Resource ，PIR)也

独立编辑其自己的数据库。后来，这三个计划的***将展开合作，将三大数据库合并为

一个。联合起来的力量将“减少重复工作，由此也可以节省不必要的费用。”SWISS-

PROT的***、英国剑桥欧洲生物信息研究院的Rolf Apweiler说道。，UniProt将是

SWISS-PROT、TrEMBL和PIR三大数据库的最佳整合

一个集中化的数据库十分重要，密歇根大学的肿瘤学家Samir Hanash对此表示同意。他同

时也是人类蛋白组组织（Human Proteome Organisation）的主席。然而，Hanash提醒说，

UniProt只是一个开始，还需要建立其它的数据库来储存有关蛋白质何时何处在机体中活动

的信息，他说。（2002年）

这句话不仅代表了Uniport数据库，也是代表了整个生物信息学，科研本就是站在巨人的肩

膀上发展的，那么这个肩膀也得与时俱进了！

UniProt（全称Universal Protein），它整合了三个老字号数据库（Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD）

的数据。是目前信息最丰富、资源最广的免费蛋白质数据库（注意没有之一哦！）。

UniProt知识库（UniProtKB）是收集蛋白质功能信息的中心枢纽，具有准确，一致和丰富的注释。除了捕

获每个UniProtKB条目强制的核心数据（主要是氨基酸序列，蛋白名称或描述，分类数据和引用信息）外,

还会添加尽可能多的注释信息。这包括广泛接受的生物本体论，分类和交叉引用，以及以实验数据和计算

数据的证据归属形式的注释质量的明确指示。

Gen Bank:美国洛斯阿拉莫斯国家实验室1979年开始建立的基因库,现在由国家生物信息中心(NCBI, 1988年成立)管理维护。

swiss-prot:最齐全的注释精炼的蛋白序列数据库，建立于1986年，1987年起由日内瓦大学(University of Geneva)医学生物化学系和 EMBL 数据馆(即现在的欧洲生物信息研究所EBI)共同维护。

cos:欧洲药典适用性证书（COS，即Certificate of Suitability又称CEP），是由成立于1964年的欧洲药典委员会即欧洲药物质量理事会（EDQM）颁发的用以证明原料药品的质量是按照欧洲药典有关专论描述的方法严格控制的，其产品质量符合欧洲药典标准的一种证书。

ftp:文件传输协议（File Transfer Protocol, FTP）是一个用于在两台装有不同 *** 作系统的 机器中传输计算机文件的软件标准。

pir:全称The Protein Information Resource，是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，其目的是支持基因组/蛋白质组研究。

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