分析miRNA的数据库都有哪些

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。

10、miRanda和microRNA.org

是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。

13、miRGator v2.0

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

你还在为想不到国自然基金课题而发愁？作为硕士研究生、博士研究生，很快就要开题了，但是自己没有找到课题的头绪，整天在为开题的事情而发愁？现在好了，我们将铜死亡相关的ceRNA课题设计思路分享给你，助你申请国自然基金或者博硕开题一臂之力！

有人会说：ceRNA好像已经烂大街了，还值得研究吗？的确如此，传统的ceRNA已经沦为基础研究批量生产SCI的工具，变得不值钱了, 但是铜死亡相关的ceRNA是空白的，这就是我们的创新点。

如何将铜死亡与ceRNA联系起来？我们可以采用倒推法来找到我们的课题：

具体分析思路（全程基于TCGA数据的生信分析，只适合肿瘤分析）：

一、确定一个值得研究的铜死亡相关基因

1、差异分析

2、单因素Cox分析

3、KM生存分析

4、表达与临床的相关性分析

二、筛选上游的miRNA

1、差异分析(miRNA)

2、单因素Cox分析(miRNA)

3、KM生存分析(miRNA)

4、相关性分析(miRNA-mRNA)

5、表达与临床的相关性分(miRNA)

三、筛选上游的lncRNA

1、差异分析(lncRNA）

2、单因素Cox分析(lncRNA）

3、KM生存分析(lncRNA）

4、相关性分析(lncRNA-miRNA)

5、相关性分析(lncRNA-mRNA)

6、表达与临床的相关性分(lncRNA)

通过上面的分析就形成了我们的 科学假说：lncRNAxx3通过吸附miRNAxx2调控铜死亡相关基因xx1促进xx癌的发生发展 ，一个课题的前期工作就差不多做好了，剩下就是实验验证的事情了，你学会了吗？

当LncRNA HOTAIR低表达时，miR-331-3p与ago2结合到HER2 Mrna的3’-UTR抑制翻译；当LncRNAHOTAIR高表达时，LncRNAHOTAIR竞争性的结合miR-3313p-ago2，使HER2mRNA的翻译不受抑制，从而促进了HER2蛋白的表达。

本文旨在说明LncRNA HOTAIR结合miR-331-3p后解除其对HER2mRNA翻译的抑制从而促进HER2蛋白表达。作者首先根据临床样本进行Q-PCR检测正常组织细胞核胃癌细胞的LncRNAHOTAIR的表达和存活率与LncRNAHOTAIR表达量关系的分析筛选出本文的主体LncRNAHOTAIR。再进行功能和作用机制两方面的研究。

（1）功能实验：通过建立LncRNAHOTAIR过表达/敲低稳定细胞株，分别进行MTT实验、Hoechst染色、流式细胞仪、Transwell、动物体内成瘤实验验证LncRNAHOTAIR对细胞增殖，细胞凋亡的影响。

（2）机制实验：生物信息学分析表明LncRNAHOTAIR有与microRNA的结合位点，作者通过荧光素酶实验验证了LncRNAHOTAIR与miR-331-3p的结合，同样的用荧光素酶实验检测HER23’-UTR与miR-331-3P的关系，然后用Ago2-RIP技术验证了LncRNAHOTAIR与miR-331-3p-Ago2结合。最后通过使用WB检测LncRNAHOTAIR过表达/敲低后的HER2蛋白的表达验证了LncRNAHOTAIR对HER2的促进作用。

三、核心****FIGURE

Figure1说明LncRNAHOTAIR以miR-331-3p为靶标来调控HER2的表达。

A、 生物信息学预测LncRNA HOTAIR与microRNA的结合位点。

B、荧光素酶实验，将连接LncRNA的荧光素酶报告质粒与microRNA转染细胞，检测荧光素酶活性，结果表明LncRNAHOTAIR与miR-331-3p的荧光素酶活性显著降低，说明LncRNAHOTAIR与miR-331-3p高度结合。

C、荧光素酶实验，将HER2 3’-utr连到荧光素酶报告质粒上，与LncRNAHOTAIR表达质粒共转染，然后转染miR-331-3p检测荧光素酶活性。表明miR-331-3p抑制荧光素酶活性，HOTAIR促进荧光素酶活性。

D、 Ago2-RIP，用Ago2蛋白抗体钓取与Ago2-结合的RNA，然后通过q-pcr检测表明Ago2结合LncRNAHOTAIR和miR-331-3p。

E、 通过WB检测miR-331-3p过表、HOTAIR敲低和过表达细胞的HER2的表达，说明miR-331-3p抑制HER2表达，而HOTAIR促进HER2的表达。

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