求个肺癌相关 miRNA数据库,最好是中文的,求个链接

求个肺癌相关 miRNA数据库,最好是中文的,求个链接,第1张

以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表,中文的暂时没有这种数据库吧,下面第一个基本就够用的了:

(1) miRbase:众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。

(2) starBase:一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。

(3) Tarbase:一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

(4) miRecords:一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。

(5) targetScan:

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。

(6) PicTar:基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件,假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。

(7) PITA:基于靶位点的可接性(target-site

accessibility)和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址:

(8) RNA22:基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。

(9) miRanda和microRNA.org:是著名的Memorial

Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。

(10) MicroCosm:EMBL-EBI的Enright

实验室开发的microRNA靶标数据库。

(11) miRTarBase:整合实验证实的microRNA靶标的数据库。

(12) miRGator

v2.0:整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。

(13) MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。

(14) miRDB:

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。

(15) RNAhybrid:一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。

(16) miRGen:microRNA基因和microRNA靶标数据库。

(17) Targetfinder:

使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。

(18) miRU, psRNATarget:

一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。

(19) CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。

(20) Target-align:一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间:2013年11月。

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。最新版本发布时间:2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控,构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间:2012年11月。

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2009年1月。

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间:2010年11月。

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间:2009年4月。

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间:2007年3月。

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间:2008年8月。

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间:2007年。

10、miRanda和microRNA.org

是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间:2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2010年8月。

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间:2010年10月。

13、miRGator v2.0

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间:2010年11月。

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间:2008年1月。

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间:2010年8月。

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间:2011年6月。

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2007年1月。

嘿嘿,这个很简单,我来告诉你:你首先登入mirbase数据库,进入到download页面,其实就是这个网址:http://www.mirbase.org/ftp.shtml 然后下载里面的mature.fa 就OK,这里还有其他的很多mirbase数据可以下哟。。。


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