(1) miRbase:众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。
(2) starBase:一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
(3) Tarbase:一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。
(4) miRecords:一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。
(5) targetScan:
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。
(6) PicTar:基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件,假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。
(7) PITA:基于靶位点的可接性(target-site
accessibility)和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址:
(8) RNA22:基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。
(9) miRanda和microRNA.org:是著名的Memorial
Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。
(10) MicroCosm:EMBL-EBI的Enright
实验室开发的microRNA靶标数据库。
(11) miRTarBase:整合实验证实的microRNA靶标的数据库。
(12) miRGator
v2.0:整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。
(13) MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。
(14) miRDB:
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。
(15) RNAhybrid:一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。
(16) miRGen:microRNA基因和microRNA靶标数据库。
(17) Targetfinder:
使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。
(18) miRU, psRNATarget:
一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。
(19) CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。
(20) Target-align:一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。
1、starBase一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间:2013年11月。
2、miRbase
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。最新版本发布时间:2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控,构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间:2012年11月。
4、Tarbase
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2009年1月。
5、miRecords
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间:2010年11月。
6、targetScan
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间:2009年4月。
7、PicTar
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间:2007年3月。
8、PITA
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间:2008年8月。
9、RNA22
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间:2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间:2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2010年8月。
12、miRTarBase
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间:2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间:2010年11月。
14、MiRNAMap
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间:2008年1月。
15、miRDB
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间:2010年8月。
16、RNAhybrid
一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间:2011年6月。
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2007年1月。
嘿嘿,这个很简单,我来告诉你:你首先登入mirbase数据库,进入到download页面,其实就是这个网址:http://www.mirbase.org/ftp.shtml 然后下载里面的mature.fa 就OK,这里还有其他的很多mirbase数据可以下哟。。。欢迎分享,转载请注明来源:内存溢出
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