当我们把测序reads比对到参考基因组后，能够得到sambam文件。bambed格式的文件主要是储存了reads到底比对到参考基因组的区域信息，而wig、bigWig和bedgraph不同，它们储存的是参考基因组的各个区域的覆盖度，测序

  做生信分析的小伙伴们，相信大家对bam文件都不陌生，但具体到如何get到bam文件提供给我们的信息，却少有人真正的理解，最近我做了相关的学习，和大家分享以下我的理解，具体的可参考黄树嘉的知乎分享 https:zhuanlan.zhi

写在前面 ：在上亿年的进化历程中，基因组经历了大大小小的改变。从小的核苷酸突变、插入、缺失到大的基因缺失、重复、基因组重排和水平基因转移。基因组比对可以通过比对序列中的同源区域，找到DNA中的改变。理解每种改变的速率和模式将有助于了解多

亲子鉴定是指通过DNA检测来验证亲子关系的一种方法。而BAM则是映射和对比测序数据时计算机使用的文件格式之一。在亲子鉴定中，通常会对DNA样本进行测序，得到一系列的DNA序列数据。而这些数据则需要与参考基因组进行比对和映射，这时就需要使用B

下一个转换器。也可以在文件名后面输入“.eff”按毕高下enter键。文件的名字改变了，但格式没变。点击“菜单”点击“工具”，点击“文件夹选项”。d出新窗口，点击“查看”。取消勾选“隐藏已知文件类型的扩展名”。点击“确定”，真实的扩展名显示

deeptools 提供两个bam转换为bw的命令，分别是 bamCoverage 和 bamCompare 。两者的区别在于 bamCoverage 是对单个bam文件进行转换，而 bamCompare 接受两个bam文件，生成两者信号比

或许，没有人知道TBtools到底是什么？能干啥。 但是看完这个推文，或许你就知道了其中的一部分。 TBtools对外开放两年多，不时会有熟悉的不熟悉的人与我聊到TBtools。TBtools在每个人的认知上，或许都不一样。

GTF与GFF文件都是用于存储注释信息的文本类型，经常可以看到二者格式之间的相互转换。二者的名字相似，连内容都极为相似，那么二者的差异究竟在哪里呢？ GFF文件是一种用来描述基因组特征的文件，现在我们所使用的大部分都是第三版）（GFF

美格平台导出测序数据方法如下：1、登录美格平台账户，并进入需要导出数据的项目页面。2、在项目页面中，点击左侧菜单栏中的“数据下载”选项，进入数据下载页面。3、在数据下载页面中，选择需要导出的数据类型，如fastq文件或bam文件等，并选择需

亲子鉴定是指通过DNA检测来验证亲子关系的一种方法。而BAM则是映射和对比测序数据时计算机使用的文件格式之一。在亲子鉴定中，通常会对DNA样本进行测序，得到一系列的DNA序列数据。而这些数据则需要与参考基因组进行比对和映射，这时就需要使用B

接下来用 BWA mem把fastq map到参考基因组 hg38 版本。 比对结果直接通过管扰模道传给samtools以 coordinate 进行sort处理，并输出bam格式文件，节省 I／O 时间。 因为空间问题，比对返乱好

由索引表和主文件两部分构成。索引表是一张指厅灶示逻辑记录和物理记录之间扮顷扮对应关糸的表。索引表中的每项称作索引项。索引项是按键（或逻辑记录号）顺序排列。若文件本身也是按关键字顺乎扒序排列，则称为索引顺序文件。否则，称为索引非顺序文件。再不

通过位点把基因位点注释为基因 把文件名变为样本名整合到一起 得到基因和拷缓并贝数对应关系 对比癌此哪信症和正常人基因发生CNV的不同，用卡方检验 用R画，一层一层 有可能太多，显示不出来，会自动挑选，也可以自己挑选

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前言 我们比对完fastq文件后，我们可以拿到bam文件，但是bam文件非常的大，处理起来很不方便。如果我们只是想知道这些read都比对到了基因组的什么区域，以及基因组上每个区域有多少read存在，此时用wigbwbdg则会更加方便

1. view Usage: samtools view [options] &ltin.bam&gt|&ltin.sam&gt[region1 [...]] 默认情况下不加 region，则是输出所

基因组注释文件启芹GTFGFF格式的介悄粗毕绍GFF 2 -&gtGTF -&gtGFF 3                The GTF (General Transfer Format) is identical to

当我们把测序reads比对到参考基因组后，能够得到sambam文件。bambed格式的文件主要是储存了reads到底比对到参考基因组的区域信息，而wig、bigWig和bedgraph不同，它们储存的是参考基因组的各个区域的覆盖度，测序