安装autodock tools,还需要下载AutoDock、AutoDock Vina以及AutoDockTools来支持。
另外,安装目录尽量选择C盘Program Files文件夹下,若是安装在其他分区,可以直接选择安装在分区的根目录下。
首先,下载安装包,按照提示安装即可。注意安装的时候地址中不要含有中文,以免不可知的问题。安装好之后,在安装目录下找到adt.bat,右键发送一个快捷方式到桌面。安装目录为:D:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute ,那么adt.bat文件则位于D:\Program Files(x86)\The Scripps Research Institute\MGL下。为了后续方便,在E盘下创建一个工作目录E:\AutoDock。创建好之后,把MGLtools安装目录下的Autodock\4.2.6文件夹复制到工作目录中。然后,回到刚才创建的桌面快捷方式,右键,设置起始位置为E盘的工作目录E:\AutoDock,工作目录就设置完毕了。另外还需要Pymol软件查看3D结构,Open Babel用来将pdbqt文件转成pdb文件,便于查看,下载地址自行查找。受体和配体的pdb文件准备,以PDB数据库的3uf0为例,这是某个脱氢酶与NADP的复合物结构。先用Pymol软件将受体和配体分子的结构从3uf0中提取出来,分别保存为r.pdb和nap.pdb。水分子已经在pymol软件中全都删除了。受体和配体的叫法不准确,但是为了方便,我就先这么称呼了。获取root权限。autodocktool安装的条件是获取root权限,autodocktool是一款开源的分子对接软件,最主要应用于执行配体—蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护的。欢迎分享,转载请注明来源:内存溢出
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