哪些mirna对ppar

哪些mirna对ppar,第1张

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间:2013年11月。

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。最新版本发布时间:2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控,构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间:2012年11月。

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2009年1月。

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间:2010年11月。

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间:2009年4月。

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间:2007年3月。

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间:2008年8月。

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间:2007年。

10、miRanda和microRNAorg

是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间:2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2010年8月。

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间:2010年10月。

13、miRGator v20

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间:2010年11月。

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间:2008年1月。

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间:2010年8月。

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间:2011年6月。

17、miRGen

如果是要初步的筛选,最好用至少3个数据库进行预测,然后取共有的target gene进行下一步的验证,常用的数据库有targetscan,RNA22,mirbase,PITA,microcosom等等

如果是要初步的筛选,最好用至少3个数据库进行预测,然后取共有的target gene进行下一步的验证,常用的数据库有targetscan,RNA22,mirbase,PITA,microcosom等等

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间:2013年11月。

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。最新版本发布时间:2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控,构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间:2012年11月。

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2009年1月。

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间:2010年11月。

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间:2009年4月。

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间:2007年3月。

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间:2008年8月。

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间:2007年。

10、miRanda和microRNAorg

是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间:2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2010年8月。

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间:2010年10月。

13、miRGator v20

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间:2010年11月。

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间:2008年1月。

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间:2010年8月。

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间:2011年6月。

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2007年1月。

如果是要初步的筛选,最好用至少3个数据库进行预测,然后取共有的target gene进行下一步的验证,常用的数据库有targetscan,RNA22,mirbase,PITA,microcosom等等

如果是要初步的筛选,最好用至少3个数据库进行预测,然后取共有的target gene进行下一步的验证,常用的数据库有targetscan,RNA22,mirbase,PITA,microcosom等等

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