1、使用BLAST(基于序列的相似性搜索)来进行Genid大批量比对拟南芥。
2、BLAST可以搜索一个或多个序列,并与其他已知序列进行比较,以确定序列之间的相似性。
3、BLAST可以根据Genid搜索拟南芥的基因组数据库,以确定Genid之间的相似性。此外,还可以使用NCBI的BLAST服务,在NCBI上搜索和比较Genid数据。
首先拿到转录因子的基因ID,你既然说是29个我想你已经拿到这29个SBP基因的名字了吧。然后上 msu的Rice网站 以及 拟南芥的TAIR网站 的ftp下载全体蛋白的序列。
具体:
ftp://ftp.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep
和
ftp://ftp.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep
然后根据名字自己提取,这个随便什么编程语言都可以做的。
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