大侠,求问拟南芥数据库TAIR的使用方法

大侠,求问拟南芥数据库TAIR的使用方法,第1张

首先,进入TAIR网站首页,顶部有一个输入栏,可以输入基因编号,名称,种子编号等信息,输入后点击搜索,可以显示对应的搜索结果;其次,点击感兴趣的搜索结果,比如基因编号,种子编号等,进入对应的内容,就可以看到详细的信息;最后,选择感兴趣的部分,比如突变体信息,基因序列等进行浏览。

根据genid大批量比对拟南芥为:

1、使用BLAST(基于序列的相似性搜索)来进行Genid大批量比对拟南芥。

2、BLAST可以搜索一个或多个序列,并与其他已知序列进行比较,以确定序列之间的相似性。

3、BLAST可以根据Genid搜索拟南芥的基因组数据库,以确定Genid之间的相似性。此外,还可以使用NCBI的BLAST服务,在NCBI上搜索和比较Genid数据。

首先拿到转录因子的基因ID,你既然说是29个我想你已经拿到这29个SBP基因的名字了吧。

然后上 msu的Rice网站 以及 拟南芥的TAIR网站 的ftp下载全体蛋白的序列。

具体:

ftp://ftp.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep

ftp://ftp.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep

然后根据名字自己提取,这个随便什么编程语言都可以做的。


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原文地址: http://outofmemory.cn/sjk/6772245.html

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