ID转换大全-3-使用R语言获取人类所有基因的名字,ID,symbol以及别名

ID转换大全-3-使用R语言获取人类所有基因的名字,ID,symbol以及别名,第1张

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直接在NCBI主页输入你要找的基因的名字,比如S1PR1,然后搜索,找到下面的内容: Genes 90Gene: collected information about gene loci 1HomoloGene: homologous gene sets for selected organisms 12UniGene: clusters of expressed transcrip。

根据genid大批量比对拟南芥为:

1、使用BLAST(基于序列的相似性搜索)来进行Genid大批量比对拟南芥。

2、BLAST可以搜索一个或多个序列,并与其他已知序列进行比较,以确定序列之间的相似性。

3、BLAST可以根据Genid搜索拟南芥的基因组数据库,以确定Genid之间的相似性。此外,还可以使用NCBI的BLAST服务,在NCBI上搜索和比较Genid数据。

方法一

请到ncbi上blast搜索

根据已知序列种类、欲获知序列种类(DNA序列或蛋白序列)以及搜索范围选择合适的程序,比如常用的nucleotide blast

输入你的序列

FASTA格式如下

〉基因名等等,随便备注

DNA序列

根据具体情况选择各选项

点击Blast即可得到很多的同源序列

方法二

直接输入基因名,在ncbi上的nucleotide 或gene 数据库里搜索

方法三

你要获取实物那么根据该基因的保守区设计引物 PCR扩增

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