phaser学习总结之phaser入门教程

最近公司做项目的时候正好使用到phaser,在这里做一下自己整理出来的一些心得，方便大家参考，phaser这一个游戏引擎通常是做2d游戏的，入门也非常简单，只需你会一点的javascript,但是你想做一个比较完美的游戏的话，那么光靠一点点的javascript是远远不够的，本篇博客将快速带你入门phaser。

phaser是一款快速，免费及开源HTML5游戏框架，它支持WebGL和Canvas两种渲染模式，可以在任何web浏览器环境下运行，游戏可以通过第三方工具转为iOS、Android 支持的 Native APP，允许使用 JavaScript 和 TypeScript 进行开发。

phaser中的一切都是从Game类开始，所以我们暂时将Game类当作phaser的中心吧！当你new了一个Game之后，game中的很多属性就有了，phaser的核心可以用如下这张图表示。

这里我们经常使用的对象有load,time,world,input,camera。

在开发中，我们经常使用方式五创建phaser对象，当然你也可以根据自己的喜好选择，就看你是喜欢函数创建还是对象创建。

画布宽度，数字或字符串类型可选参数，默认为800，如果以字符串的形式给出，该值必须在0到100之间，为百分比，如果没有指定父容器，则默认为浏览器窗口

画布高度

指定渲染机制，值可以是Phaser.WebGL,Phaser.Canvas,Phaser.AUTO(自动尝试使用WebGL,如果浏览器或设备不支持，使用canvas)或者Phaser.HEADLESS(不进行渲染)

想插入游戏画布的DOM元素，画布的父元素，可选值为DOM本身或者是id,如果为空字符串，画布将被插入到body元素中

默认的状态对象，对象类型，可以是null,也可以是Phaser.state函数(初始化，预加载，创建，更新，渲染)

画布背景是否透明，布尔值，默认为false

是否绘制为平滑纹理，布尔值，默认为true

一个物理配置对象，在Physics world创建时传递，对象默认为null

参考文档： https://photonstorm.github.io/phaser-ce/Phaser.Game.html

中文网： http://www.phaserengine.com/

phaser小站： https://www.phaser-china.com/example-detail-422.html

社区： http://club.phaser-china.com/

接下来我们通过phaser实现一个小游戏以及快速入门，见识下phaser开发游戏的功能有多么的强大，需要说明的是，这个就是phaser官方入门的案例，废话不多说，直接上源码。

在这里，我们已经创建了游戏场景和加载了游戏场景，但是我们看到一片黑的，接下来我们加点东西。

我们看到屏幕的左上角出现了一颗星星，但是还是缺点什么，这种效果依然不是我们想要的效果，接下来我们让它更具体化。

在这里我们已经将场景加入进来了以及开启了物理引擎，当然这只是为后面做准备，然后我们创建了天空，大地和两个平板。大地和平板的位置定位，我们是通过坐标来进行的，

其中，大地和两个平板都被加到了platforms这个组中，这个组我们为它启动了物理属性，然后我们设置了大地和两个平板是不能动的，这样他们就不会由于撞击被改变位置。接下来，我们来加入一个小人，这个小人也是我们游戏的主角。

dude.png图片

同样是通过game.add.sprite将精灵加入进来，但是大家仔细看看dude.png这张资源图片，这是一个帧动画序列，里面包含了主角左移和右移的动画帧。我们同样给它开启了物理属性，然后设置了它的d性和重力。player.body.collideWorldBounds = true这句话设置了它会与边界进行碰撞，这就是为什么主角落下的时候，到游戏区域边界就不会掉下去，大家可以把这句话注释掉再运行，看看会是什么情况。在这里，我们还为小人添加了两个动画，一个是向左移动，一个是向右移动，分别指定了响应的动画帧，这也是为后续的动画做准备。

是不是很惊讶？要让主角站在地上，只要在update中加上一句，game.physics.arcade.collide(player, platforms)就可以了，这句话表示，检测主角与platforms组的碰撞，而大地正是在platforms组中，这样，主角就不会穿过大地了。同样地，当主角与两个平板碰撞时，也不会穿过了。接下来我们让主角运动。

我们希望让主角在按下方向左键的时候，向左移动，按下方向右键的时候，向右移动，为了实现这一功能，我们又定义了一个cursors，我们通过cursors = game.input.keyboard.createCursorKeys()来获取系统的键盘输入对象。然后，我们在update中，通过cursors.left.isDown来判断用户是否按下了键盘左键，如果按下了，我们给主角设置一个速度，然后播放左移的动画，方向右键的逻辑是一样的。如果方向左键和右键都没有按下，那么我们就通过player.frame来设置小人停在第4帧。小人的跳跃是通过方向上键来实现的，但是这里有一个条件，就是小人在空中的时候，不允许跳跃，所以，加上了一个player.body.touching.down的判断条件。

在create中，我们又创建了一个stars的组，在这个组中，添加了星星，然后设置了它们的重力，随机设置了d性，所以它们掉落的时候，碰到平板或者地面，会d起不同的高度。同样，星星也不能穿过地面，所以在update中，添加了碰撞检测。

还有一层碰撞检测就是小人和星星的碰撞，当主角和星星发生碰撞的时候，需要让星星消失，这时候，再添加碰撞检测的时候，我们还添加了一个回调函数collectStar，在这里面，我们的player和star都会作为参数传递进来，通过调用star.kill()将星星销毁。

1、说明书见http://www.drvsky.com/xerox/Phaser_3200MFP.htm

2、XeroxPhaser3200mfp它是富士施乐 Phaser 3200MFP黑白激光多功能一体机

3、基本参数：

产品功能：打印/复印/扫描/传真

最大页面：A4

接口类型：USB2.0

打印分辨率：1200×1200dpi

打印速度：24ppm

耗材：113R00730

硬件ID：USB\Vid_0924&Pid_3DA4

   等位基因的特定表达（allele specific expression，ASE）数据是后续分多分析的基础。利用它可以识别印记基因、研究蛋白截断变异以及用于量化顺式（cis）调控遗传变异的影响。虽然下游的分析具有多种形式，但是第一步总是要获得ASE数据。在最基本的层面上，ASE数据由RNA-seq读到的杂合子SNP位点生成，根据它们的序列可以对reads进行分型。但是一般情况下，不使用indel型变异，因为indel周围干扰数据的正确比对。

    这里整理工具phASER（phasing and ASE fromRNA-seq）的具体用法，这个软件可以获得等位基因全部单倍型的可靠表达水平。 软件的作者认识 这是产生ASE数据的黄金标准，并且获得的数据可以用于任何感兴趣的下游分析。

phASER 运行于Python 2.7.x 并依赖下列包:  SciPy ,  NumPy ,  samtools ,  tabix ,  bedtools ,  Cython

随后对软件进行解压

phASER 需要VCF文件和比对的bam文件。

注意：phASER是利用VCF文件中的杂合位点计算等位基因表达水平。

首先VCF需要压缩和建立索引

bam文件需要建立索引

如果bam文件是STAR产生的，mapq选255；如果bam文件是hisat2产生的，mapq选60。sampleID由call SNP之前的AddOrReplaceReadGroups 决定。

--threads N 线程数，但是phASER对多线程优化不好，使用多线程以后，很容易出报错。

prefix_output是输出文件的前缀，需要注意的是输出文件较多，为了防止文件混乱，最好每个样本输出到一个目录下。

--temp_dir ./tmp 为了防止系统没有空间储存临时文件，最好指定临时文件的位置。

--id_separator默认的分隔符是下划线 ‘_’ ， 如果基因组scaffold的命子中包含下划线，这里要重新指定。

--output_read_ids 输出单倍型的reads ID，这个参数默认是0。reads ID的结果在haplotypic_counts.txt 这个文件里。

如果软件运行成功，最后会有类似信息

--haplotypic_counts 入读的文件是上步产生的 prefix.haplotypic_counts.txt

--features 为基因bed注释，这里要求要有基因名，染色体名和之前bam、vcf中的一定要一致。

结果文件如下：

aCount 和 bCount 列是唯一比对到单倍型的reads数，可用于下游分析。

aCount 对应vcf中ref单倍型，bCount对应vcf中alt单倍型。 

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